Package index • ggchord

创建图形

coord_chord(): 弦图坐标系
coord_circular(): 单序列圆图坐标系
coord_collinear(): 直线型多序列共线性坐标系
ggchord(): 用图层组合弦图、圆图和共线性图
ggchord_api_contract: 候选 API 与迁移契约
ggchord_layout_contract: 布局结果、单位与归属

读取和整理数据

as_ggchord_feature(): 将区间转换为 ggchord 通用注释
as_ggchord_link(): 将成对基因组区间转换为 ggchord 连接
as_ggchord_seq(): 将序列信息转换为 ggchord 输入
clean_ggchord_data(): 按明确策略清理输入并返回报告
ggchord_data_contract: 数据工作流与生物学坐标契约
prepare_ggchord_data(): 准备命名输入表并保留明确审计记录
read_bed(): 将 BED 区间读为 ggchord 注释
read_blast(): 将一个或多个 BLAST 表格文件读为连接数据
read_fasta_lengths(): 将一个或多个 FASTA 文件读为序列数据
read_genbank(): 使用可选成熟解析器导入本地 GenBank 或 GBFF
read_gff3(): 将一个或多个 GFF3 文件读为注释数据
read_paf(): 将 PAF 比对读为 ggchord 连接
validate_ggchord_data(): 绘图前校验 ggchord 输入
validate_ggchord_hierarchy(): 校验显式 genome 与 contig 关系

图层和标签

geom_feature(): 绘制通用基因组注释
geom_feature_label(): 为通用基因组注释添加标签
geom_feature_label_repel(): 自动安排通用注释标签
geom_feature_plasmid(): 在圆形质粒上绘制 SnapGene 风格注释
geom_gene(): 添加基因箭头图层
geom_gene_label(): 添加固定基因标签图层
geom_gene_label_repel(): 添加自动布局的基因标签图层
geom_link_line(): 绘制序列间的点连接
geom_link_ribbon(): 添加比对区间连接图层
geom_primer(): 在圆形序列上绘制引物结合范围
geom_primer_label_repel(): 排列引物标签和引导线
geom_restriction_site(): 绘制酶切位点、标签和确定性引导线
geom_seq(): 添加序列骨架图层
geom_seq_break(): 标记线性序列的裁剪端点
geom_seq_center_label(): 添加圆形序列中心标签
geom_seq_label(): 添加序列名称图层
geom_seq_region(): 沿序列骨架突出显示区域
geom_seq_scale(): 为线性图添加共享 bp 比例尺

配色、图例和布局调整

guide_ggchord_legend() guide_ggchord_colourbar() guide_ggchord_colorbar(): ggchord 角色 aesthetic 图例
position_feature_stack(): 将重叠基因或注释堆叠到局部轨道
position_plasmid(): 将两条链的注释放在同一带上
position_strand(): 按链将注释放在两侧
scale_feature_fill_plasmid() scale_feature_shape_plasmid(): 质粒注释预设标度
scale_feature_shape_manual(): 注释形状标度
scale_gene_fill_manual() scale_feature_fill_manual() scale_region_fill_manual(): 基因、注释及区域填色标度
scale_link_colour_manual() scale_link_color_manual() scale_link_alpha_manual() scale_link_linewidth_manual() scale_link_linetype_manual() scale_link_colour_gradientn() scale_link_color_gradientn() scale_link_alpha_continuous() scale_link_linewidth_continuous(): 点连接标度
scale_ribbon_alpha_continuous() scale_ribbon_alpha_manual() scale_ribbon_colour_manual() scale_ribbon_color_manual() scale_ribbon_linetype_manual(): 区间连接透明度、轮廓及线型标度
scale_ribbon_fill_stepsn() scale_ribbon_fill_gradientn() scale_ribbon_fill_manual() scale_ribbon_fill_identity(): 区间连接填色标度
scale_seq_colour_manual() scale_seq_color_manual(): 序列颜色标度
scale_seq_position_continuous(): 基因组序列位置标度
scale_seq_ring_manual(): 显式序列环标度
theme_ggchord() theme_ggchord_minimal() theme_ggchord_dark() theme_ggchord_publication() theme_ggchord_plasmid(): ggchord 主题

添加数据轨道

geom_track_tile() geom_track_line() geom_track_bar(): 沿序列骨架绘制定量轨道
position_track(): 在显式序列局部带中放置定量图层
scale_track_fill_gradientn() scale_track_fill_manual() scale_track_colour_gradientn() scale_track_colour_manual(): 设置轨道填色或颜色映射
scale_track_value_continuous(): 设置命名轨道的数值高度标度

查找序列注释

filter_restriction_sites(): 筛选要显示的酶切位点
find_common_features(): 在 DNA 中查找常见生物学注释
find_ggchord_loci(): 围绕明确指定的注释查找基因组区域
find_primer_bindings(): 查找测序引物结合位点
find_restriction_sites(): 查找酶切模式匹配及切割坐标
primer_catalog(): 查看随包测序引物目录

投影和局部比较

build_ggchord_cds(): 建立显式的剪接 CDS 坐标映射
bundle_ggchord_ribbons(): 显式聚束密集比对连接
deduplicate_ggchord_ribbons(): 去除重复比对区间
filter_ggchord_ribbons(): 绘图前筛选比对区间
focus_ggchord_data(): 将 ggchord 数据聚焦到一个或多个区域
focus_ggchord_track(): 聚焦定量区间或采样点而不跨越省略窗口
link_ggchord_clusters(): 将显式同源分组成员转换为注释连接
map_ggchord_position(): 转换基因组位置与线性布局位置
merge_ggchord_ribbons(): 合并同序列对的相邻或重叠比对块
project_ggchord_features(): 通过剪接 CDS 映射投影蛋白结构域或基因组注释
project_ggchord_links(): 将明确无缺口的蛋白连接投影为基因组编码片段
segment_ggchord_data(): 为分段线性图准备独立窗口
stat_ribbon_bundle(): 以统计图层聚束区间连接
stat_ribbon_density(): 以统计图层计算局部连接密度

保存与检查图形

diagnose_ggchord(): 检查指定尺寸的一次渲染而不改变原图
export_ggchord_layout(): 导出 ggchord 计算几何
get_chord_layout(): 获取 ggchord 图的完整布局
optimize_ggchord_layout(): 优化序列顺序和方向以改善连接可读性
view_ggchord(): 按预期导出尺寸预览图形

方法、示例数据和通用工具

as.data.frame(<ggchord_validation>): 将校验结果转换为平面数据框
gene_data_example: 示例基因注释数据
aes() after_stat() after_scale() annotate() labs() ggtitle() guides() theme() element_blank() element_line() element_rect() element_text() margin() rel() ggsave() last_plot() waiver() expansion() position_identity() PositionIdentity: 适用于 ggchord 的部分 ggplot2 辅助函数
unit() arrow(): 物理单位与方向箭头
plasmid_example_pUC19 plasmid_example_pUC19c plasmid_example_pBR322 plasmid_example_pBluescript_II_SK_plus plasmid_example_pCAMBIA1300 plasmid_example_pcDNA3_1_plus plasmid_example_pDONR221 plasmid_example_pEarleyGate_201 plasmid_example_pET_28a_plus plasmid_example_pETDuet_1 plasmid_example_pSB1C3 plasmid_example_pSpCas9_BB_2A_GFP_PX458 plasmid_example_pTRE_Tight_BI plasmid_example_pTRIPZ: 圆形质粒序列示例
`+`(<ggchord>): 将 ggchord 图与 ggplot2 组件组合
print(<ggchord_clean>): 打印 ggchord 清理结果
restriction_site_example: 最小单基因组示例的酶切位点
ribbon_data_example: 示例比对数据
seq_data_example: 示例序列数据
single_gene_example: 最小单基因组基因示例
single_genome_example: 最小单基因组序列示例

函数文档

创建图形

读取和整理数据

图层和标签

配色、图例和布局调整

添加数据轨道

查找序列注释

投影和局部比较

保存与检查图形

方法、示例数据和通用工具