添加序列骨架图层 — geom

0.16.6 文档

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绘制代表序列的弧线或直线，具体取决于曲率。序列的顺序、方向、半径、曲率和颜色等布局参数在此设置。

用法

代码geom_seq(
  mapping = NULL,
  data = NULL,
  seq_order = NULL,
  seq_orientation = NULL,
  seq_gap = NULL,
  seq_radius = NULL,
  seq_curvature = NULL,
  seq_style = c("auto", "single", "double", "band"),
  seq_backbone_gap = 0.025,
  seq_backbone_width = 0.035,
  linewidth = 0.9,
  position = "identity",
  show.legend = TRUE,
  inherit.aes = FALSE,
  ...
)

参数

mapping: 默认 NULL，使用预计算数据。
data: 默认 NULL，从布局自动获取。
seq_order: 可选字符向量，指定序列绘制顺序。
seq_orientation: 可选数值 1 或 -1，序列方向，默认 1。
seq_gap: 可选数值，序列间隙比例；弦图默认 0.03。在 coord_collinear() 中表示相邻骨架间距相对最长骨架宽度的正比例，默认 0.3；线性布局不使用最后一条序列的 gap。分段线性图以最长显示行衡量，同一行窗口须使用相同 gap，只有行间间隙影响纵向位置。
seq_radius: 可选正数，序列弧半径，默认 1.0。
seq_curvature: 可选有符号弯曲程度：0 为直线，1 为标准弧，负值向相反方向弯曲，默认 1.0。接受有限正负值且不截断，绝对值大于 1 会增强弯曲。
seq_style: 骨架形状。"auto" 在 coord_circular() 中使用双线，在 coord_chord() 中保留历史单线骨架。
seq_backbone_gap: 双线骨架之间的间距。
seq_backbone_width: 带状骨架的宽度。
linewidth: 骨架线宽，默认 0.9。
position, show.legend, inherit.aes: 标准 ggplot2 图层参数。
...: 其他固定路径 aesthetic。colour（或 color）设置 seq_colour。显式固定值优先于对应映射；要保留映射请省略固定参数。

返回值

一个 ggplot2 图层。

示例

代码library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
ggchord(seq_data = seqs) +
  geom_seq()