为分段线性图准备独立窗口 — segment_ggchord

0.16.6 文档

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通过 focus_ggchord_data() 裁剪，每个窗口保留独立序列。将 segments 交给 coord_collinear()，可用显式间隙和局部翻转将窗口放在共享行。返回表坐标始终相对于窗口，不拼接。

用法

代码segment_ggchord_data(
  seq_data,
  ribbon_data = NULL,
  gene_data = NULL,
  windows,
  point_data = NULL,
  cross_gap = c("split", "drop"),
  max_links = 10000
)

参数

seq_data: 完整序列表，含唯一 accver 和整数长度。
ribbon_data: 可选成对区间表。
gene_data: 可选基因或通用注释表，支持分段。
windows: 窗口表，含 accver、start、end、唯一 locus_id，可选 row_id（默认源 accver）与 orientation（1 或 -1，默认 1）。边界须有序、整数且位于序列内。
point_data: 可选点连接，含 qaccver、saccver、qpos、spos。
cross_gap: 被选定窗口截断的区间连接处理方式。
max_links: 区间/点连接候选副本数的正整数上限；有意使用更大重叠视图时显式提高。

返回值

列表，含局部 seq_data、ribbon_data、gene_data、point_data、供坐标系使用的 segments、可逆源/窗口映射 transforms，以及记录各输出连接源行和省略行的 report。每个窗口保留源 accession、原点、完整长度及截断标记。

详细说明

cross_gap = "split" 只保留连接线性端点对应中同时位于两端窗口的部分，不用一个多边形跨过省略区域。"drop" 只保留完全位于 query 和 subject 窗口内的连接。这是显示投影，不是重新比对；点连接仅在两端都保留时存活。重叠窗口可有意复制源行，来源标识每个副本，max_links 在分配前限制候选扩展。窗口表顺序决定同行显示顺序。

另见

ggchord_data_contract

示例

代码library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
windows <- tibble(
  accver = rep(seqs$accver[1], 2),
  start = c(1, floor(seqs$length[1] * .65)),
  end = c(floor(seqs$length[1] * .4), seqs$length[1]),
  locus_id = c("left_window", "right_window"), row_id = seqs$accver[1]
)
segment_ggchord_data(slice_head(seqs, n = 1), windows = windows)