将成对基因组区间转换为 ggchord 连接

0.16.6 文档

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对 GInteractions，第一个存储锚点作为 query，第二个作为 subject；适配器不会排序或交换它们。若源对象已将锚点规范化，无法恢复更早的宿主/病毒等生物学角色，应在转换前建立这些角色。负链锚点的端点从 end 指向 start。未知链保持递增坐标，并保留 * 链及 orientation_known = FALSE；递增次序不构成方向证据。区间互作不等于成对比对，因此不由锚点宽度推断相似度或比对长度。

用法

代码as_ggchord_link(x, mapping = NULL)

参数

x: 数据框或 GInteractions 对象。
mapping: 可选的命名字符向量，将标准连接角色对应到源列，例如 as_ggchord_seq()。

返回值

普通数据框，包含 qaccver、saccver、qstart、qend、sstart、send 及源元数据。成对对象还保留锚点索引、源行及名称、锚点链、带 query_/subject_ 前缀的锚点元数据，以及转换属性中的对象级元数据。

另见

ggchord_data_contract

示例

代码library(dplyr)
data(ribbon_data_example)
links <- ribbon_data_example |>
  select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send)
as_ggchord_link(links)