将 PAF 比对读为 ggchord 连接 — read

0.16.6 文档

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将零基半开 PAF 查询/目标区间转换为一基闭区间端点。查询端点递增，相对链为 "-" 时目标端点递减。这是保留相对方向的显示约定，不推断任何一条序列的生物学链。

用法

代码read_paf(file = NULL, files = NULL, source_file = FALSE)

参数

file: 可选路径向量或通配模式，在 files 之前读取。
files: 可选路径或通配模式，用于多个 PAF 文件。
source_file: 逻辑值，是否添加 .source_file 列，默认 FALSE。

返回值

连接数据框，含标准端点、qlen、slen、nmatch、length、pident、mapq、相对方向、原始零基坐标、标签和 .source_line。ggchord_import 属性记录输入/输出坐标约定和文件。

详细说明

length 是报告的含缺口比对块长度；pident 根据 PAF 字段计算为 100 * nmatch / length。若生成软件未计算实际比对，两种计数都可能近似。读取器不重新比对、不校验 CIGAR，也不声称精确碱基相似度；pident_basis 记录该比例的来源。比对质量 255 表示不可用：mapq 转为 NA，source_mapq 保留原值。可选类型标签原样保留在 tags 列表列，包括未知标签及原顺序。

另见

https://github.com/lh3/miniasm/blob/master/PAF.md

ggchord_data_contract

示例

代码if (FALSE) { # \dontrun{
library(dplyr)
# Requires the source checkout or tutorial input bundle.
links <- read_paf("examples/format-inputs/emales-pair.paf")
links |>
  select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send)
} # }