0.16.6 文档
本页完整说明已译为现代汉语；函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。 使用教程
全站目录 · 按任务查找
确定性搜索序列顺序和方向，以减少加权连接中心线交叉及过长弦跨度。不修改输入，不接受更差排列。超过 2000 条连接时采用确定性的 64 分箱近似，并在报告中记录 approximate = TRUE。
用法
代码
optimize_ggchord_layout(
seq_data,
ribbon_data,
seq_order = NULL,
seq_orientation = NULL,
optimize = c("order", "orientation"),
weight = c("length", "count", "pident"),
max_iter = 50L
)
参数
- seq_data
含 accver、length 的序列数据。
- ribbon_data
ggchord 连接格式的比对数据。
- seq_order
可选完整初始序列顺序，默认使用 seq_data 行顺序。
- seq_orientation
可选初始方向 1 或 -1，支持单值、完整向量或命名向量。
- optimize
选择 "order" 和/或 "orientation"。
- weight
目标权重："length"、"count" 或 "pident"。
- max_iter
改善搜索轮数的正整数上限。
返回值
ggchord_layout_optimization 对象，含 seq_order、seq_orientation、前后分数及报告。
示例
代码
library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
select(accver, length)
data(ribbon_data_example)
links <- ribbon_data_example |>
select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send)
suggestion <- optimize_ggchord_layout(seqs, links, weight = "count")
suggestion$seq_order
