跳到正文
0.16.6 文档

本页完整说明已译为现代汉语；函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。 使用教程

全站目录 · 按任务查找

基因组序列位置标度

本页目录
Source: R/scales.R
scale_seq_position_continuous.Rd

独立控制每条序列的主/次位置刻度及标签，默认值域为各序列 [0, length] 范围；线性源坐标轴使用保留的原始区间。适用于三种坐标模式。添加独立线性 bp 参照尺请用 geom_seq_scale()。

用法

代码
scale_seq_position_continuous(
  name = ggplot2::waiver(),
  breaks = ggplot2::waiver(),
  minor_breaks = ggplot2::waiver(),
  labels = ggplot2::waiver(),
  limits = NULL,
  expand = ggplot2::waiver(),
  oob = scales::censor,
  transform = "identity",
  n.breaks = 6,
  coordinates = c("relative", "source"),
  sequences = NULL,
  ...
)

参数

name

标度名称，默认禁用位置图例。

breaks, minor_breaks, labels, limits, expand, oob, transform, n.breaks

标准连续标度控制项。

coordinates

在线性图中使用局部相对坐标，或 focus_ggchord_data() 保留的源坐标。只影响轴刻度和标签，不改变几何。所有模式均将变换空间的刻度反变换回基因组位置；显式 breaks = NULL、minor_breaks = NULL 分别关闭对应刻度。

sequences

可选字符向量，以显示 accver 选择序列轴。NULL 保留全部，character() 隐藏全部。局部/分段视图使用窗口 ID，不是父源 accession；未知或未显示 ID 会报错。同时控制轴线、刻度和文字，不删除序列几何。

...

传给 ggplot2::continuous_scale() 的其他参数。

返回值

用于 seq_position 角色的 ggplot2 连续标度。

示例

代码
library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
ggchord(seq_data = seqs) +
  geom_seq() +
  coord_collinear() +
  scale_seq_position_continuous(breaks = seq(0, 100000, by = 20000))