将 ggchord 数据聚焦到一个或多个区域 — focus_ggchord

0.16.6 文档

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同时裁剪序列、基因和连接，将每个输出区域的坐标移到从 1 开始。支持同源序列多个区域，可用唯一 locus_id 列控制输出 ID。分段注释、切割位置及缓存注释连续段同时裁剪和平移。返回表保留源区间、原点及基因组左右截断标记。比对裁剪是线性显示投影，不是重新比对；保留相似度，按比例调整的长度标为估计值。

用法

代码focus_ggchord_data(
  seq_data,
  ribbon_data = NULL,
  gene_data = NULL,
  loci,
  expand = 0,
  boundary = c("trim", "drop")
)

参数

seq_data: 含 accver、length 的序列表。
ribbon_data: 可选 ggchord 比对表。
gene_data: 可选基因或注释表。
loci: 数据框，含 accver、start、end，可选 locus_id。
expand: 两侧扩展的非负碱基数，可为单值或每个区域一个值。
boundary: 边界策略："trim" 裁剪部分重叠的基因/比对，"drop" 只保留完全位于区域内的行。

返回值

列表，含局部 seq_data、ribbon_data、gene_data、规范化 loci 和简要 report，记录保留/删除源行及截断输出行。.source_origin 是局部位置 1 对应的原始基因组位置，重复聚焦后仍保留。

另见

ggchord_data_contract