聚焦定量区间或采样点而不跨越省略窗口

0.16.6 文档

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使用与 focus_ggchord_data()、segment_ggchord_data() 相同的显式区域和输出 ID。不平均、插值、缩放数值或制造边界采样点，缺失值保持缺失。后续轨道按返回窗口 accession 分组，不会用折线连接独立窗口；重复聚焦仍保留源坐标和原始行谱系。

用法

代码focus_ggchord_track(
  data,
  seq_data,
  loci,
  type = c("point", "interval"),
  boundary = c("trim", "drop")
)

参数

data: 定量输入表，保留元数据和映射值。
seq_data: 序列参照表。
loci: 显式 accver、start、end，可选 locus_id，与 focus_ggchord_data() 相同。
type: "point" 要求 pos；"interval" 要求 start/end。
boundary: 部分保留区间使用 "trim"（默认）或 "drop"。

返回值

含局部坐标的普通数据框；ggchord_track_focus 属性报告输出/输入行对应及省略行，.source_* 列保留最早源坐标。

另见

ggchord_data_contract

示例

代码library(ggchord)
library(dplyr)
data(plasmid_example_pUC19)
track_seq <- plasmid_example_pUC19 |>
  select(accver, length)
starts <- seq.int(1L, track_seq$length, by = 100L)
gc_fraction <- function(sequence) {
  bases <- strsplit(sequence, "")[[1]]
  mean(bases %in% c("G", "C"))
}
bins <- tibble(
  accver = track_seq$accver,
  start = starts,
  end = pmin(starts + 99L, track_seq$length)
) |>
  rowwise() |>
  mutate(gc = gc_fraction(substr(plasmid_example_pUC19$sequence, start, end))) |>
  ungroup()
loci <- tibble(accver = track_seq$accver, start = 501, end = 2000)
focus_ggchord_track(bins, track_seq, loci, type = "interval")