查找测序引物结合位点 — find_primer

0.16.6 文档

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每个不同寡核苷酸在目标两条链上只搜索一次，再附加全部目录别名。默认精确匹配；可选 three_prime 使用无错配的最长精确 3′ 后缀，供检查部分退火，不静默视作完整匹配。命中是序列搜索结果，不是实验验证。除非源注释提供 melting_temperature，否则按 Wallace 组成公式估算；模糊碱基不参与估算。

用法

代码find_primer_bindings(
  sequence,
  primers = NULL,
  set = c("universal", "all", "reference"),
  match = c("exact", "three_prime"),
  min_annealed_bases = 15L,
  circular = TRUE,
  unique_only = FALSE
)

参数

sequence: DNA 文本、命名字符向量，或含 accver、sequence 的数据框。
primers: 可选自定义引物，含 sequence，可选 name、primer_id（每个不同序列一个 ID），或命名字符向量。
set: 随包目录子集。reference 为识别出的随包参考质粒返回权威引物注释。
match: 完整精确匹配，或最长精确 3′ 端退火。
min_annealed_bases: 至少 8 的有限整数，three_prime 匹配的最小后缀长度；拒绝小数。
circular: 允许跨序列原点匹配。
unique_only: 只保留每个目标上仅一个结合位点的引物序列。

返回值

每个结合位点一行；aliases 列表列保留匹配寡核苷酸的全部目录名称。

另见

ggchord_data_contract

示例

代码target <- c(circle = "TTGCAAAAACG")
find_primer_bindings(
  target, primers = c(test = "ACGTTGCA"),
  min_annealed_bases = 8
)