将一个或多个 FASTA 文件读为序列数据 — read_fasta

0.16.6 文档

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file 读取单个 FASTA 文件，files 读取并合并多个文件。files 接受路径及通配模式字符向量，例如 "examples/fasta/*.fna"。

用法

代码read_fasta_lengths(
  file = NULL,
  files = NULL,
  header_delim = NULL,
  source_file = FALSE
)

参数

file: 可选路径向量或通配模式，在 files 之前读取。
files: 可选 FASTA 文件字符向量，支持路径和通配模式；读取并合并所有匹配文件。
header_delim: 可选分隔字符串；提供后在每个出现位置拆分头部，只保留第一段。
source_file: 逻辑值，读取一个或多个文件时是否添加 .source_file 列，默认 FALSE。

返回值

含 accver 和 length 列的数据框；ggchord_import 属性记录文件及逐文件输出行数。

另见

ggchord_data_contract

示例

代码if (FALSE) { # \dontrun{
library(dplyr)
# Requires the source checkout or tutorial input bundle.
source <- read_fasta_lengths("examples/fasta/MT108731.1.fna")
seqs <- source |>
  select(accver, length)
} # }