查找酶切模式匹配及切割坐标 — find_restriction

0.16.6 文档

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查找酶切模式匹配及切割坐标。

用法

代码find_restriction_sites(
  sequence,
  enzymes = NULL,
  patterns = NULL,
  circular = TRUE,
  database = NULL,
  methylation = c("auto", "none", "dam_dcm")
)

参数

sequence: DNA 文本、命名字符向量，或含 accver、sequence 的数据框。
enzymes: 可选酶名称；数据框是 patterns 的兼容写法。
patterns: 可选自定义定义。
circular: 允许识别和切割坐标跨原点回绕。
database: 可选已解析的模式数据库。
methylation: 甲基化背景。"auto" 为识别出的参考质粒使用已审计背景，其他情况不声称位点被阻断；"none" 关闭阻断；"dam_dcm" 按源支持的 Dam/Dcm 敏感性检查输入序列。

返回值

每个模式匹配一行，不做显示筛选或去重。甲基化相关列有 methylation_status、blocked_by、display_warning、methylation_motif、sensitivity_source。enzyme_site_count 是该酶在完整输入上的不同切割/显示位置数量，显示筛选后保持不变。精确识别的随包参考序列以 reference_enzyme_profiles 属性记录保存的显示集合，供 filter_restriction_sites() 使用。

另见

ggchord_data_contract