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术语说明

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对照术语

English 现代汉语 API / units
sequence 序列 accver / length
chord diagram 弦图 coord_chord()
circular sequence map 单序列圆图 coord_circular()
collinearity plot 共线性图 coord_collinear()
interval link / ribbon 区间连接 / 连接带 qaccver / saccver
feature 通用注释特征(feature) geom_feature()
gene 已知链的基因 geom_gene()
strand 链方向 + / - / unknown
aesthetic mapping 美学属性映射 aes()
scale 标度 scale_*()
guide 图例 / 标度指南 guides()
position 局部位置调整 position_*()
track 定量轨道 position_track()
genomic position 基因组位置 one-based inclusive bp / 一基闭区间
layout units 原生布局单位 not bp or mm / 不等于 bp 或 mm
source row 已解析输入来源行 source_row
physical file line 物理文件行 .source_line
focus 局部聚焦 focus_ggchord_data()
segment 分段窗口 segment_ggchord_data()
leader 标签引导线 label / connection
CDS projection 编码序列坐标投影 build_ggchord_cds()
measured panel 已测量面板 not visual certification / 不等于视觉认证

设计与资产来源

语法参考 ggplot2,映射、标度、几何、位置、坐标与主题 分别承担不同职责。紧凑的 query/subject 字段参考 BLAST 风格表格,ggchord 绘图时 不运行比对工具。环形层次和注释可读性与 Circos、clinker、DNA Features Viewer 进行比较,具体边界记录在仓库设计文档中;这些是概念借鉴,不是复制 API。

精细的 ggchord 图标由用户于 2026-11-01 提供,授权用于网站和说明文档。 完整 PNG 和 WebP 保留逐像素 RGBA,只有导航缩略图调整尺寸。 图标清单记录来源 hash 和准确体积。下方的简洁六边形研究标识、网站 CSS/JS 及文档示意图是本项目原创资产,遵循仓库 MIT 条款。研究标识作为补充方案保留, 不替代用户提供的图标。

ggchord 使用系统字体,不下载网络字体、图标库或第三方图片。 图中颜色来自包的现有默认值或显式教学代码,具体色值随源码记录。 网站在构建时使用已有 Pandoc 和 R 文档转换器,不捆绑其二进制或样式表。