0.16.6 文档
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安装与学习路线
首页安装与环境准备选择合适的学习模块模块一『弦图』部分
1.1 输入表与字段含义1.2 生成与导入比对数据1.3 从骨架逐层添加1.4 方向、曲率与避障1.5 筛选与整理连接1.6 原始文件完整流程1.7 弦图综合展示模块二『共线性图』部分
2.1 复用弦图的数据2.2 只替换坐标系,再逐层添加2.3 跨行连接、避障与比例尺2.4 比较基因邻域2.5 局部、锚定与分段2.6 共线性综合展示模块三『质粒图』部分
3.1 DNA、注释与13个参考序列3.2 从圆圈到多层注释3.3 识别特征、引物与酶切3.4 13个质粒参考案例3.5 质粒综合实战按需查阅:数据与图层
数据与坐标导入和转换数据导入核酸和蛋白比对将蛋白区间转换为基因组坐标绘制注释与处理重叠放置和调整标签添加数据轨道设置配色、图例和主题按序列和链设置参数调整图形预览和保存图形学习地图与函数查阅
使用教程函数文档示例图集常见问题迁移到候选 API术语说明更新日志术语说明
对照术语
| English | 现代汉语 | API / units |
|---|---|---|
| sequence | 序列 | accver / length |
| chord diagram | 弦图 | coord_chord() |
| circular sequence map | 单序列圆图 | coord_circular() |
| collinearity plot | 共线性图 | coord_collinear() |
| interval link / ribbon | 区间连接 / 连接带 | qaccver / saccver |
| feature | 通用注释特征(feature) | geom_feature() |
| gene | 已知链的基因 | geom_gene() |
| strand | 链方向 | + / - / unknown |
| aesthetic mapping | 美学属性映射 | aes() |
| scale | 标度 | scale_*() |
| guide | 图例 / 标度指南 | guides() |
| position | 局部位置调整 | position_*() |
| track | 定量轨道 | position_track() |
| genomic position | 基因组位置 | one-based inclusive bp / 一基闭区间 |
| layout units | 原生布局单位 | not bp or mm / 不等于 bp 或 mm |
| source row | 已解析输入来源行 | source_row |
| physical file line | 物理文件行 | .source_line |
| focus | 局部聚焦 | focus_ggchord_data() |
| segment | 分段窗口 | segment_ggchord_data() |
| leader | 标签引导线 | label / connection |
| CDS projection | 编码序列坐标投影 | build_ggchord_cds() |
| measured panel | 已测量面板 | not visual certification / 不等于视觉认证 |
设计与资产来源
语法参考 ggplot2,映射、标度、几何、位置、坐标与主题 分别承担不同职责。紧凑的 query/subject 字段参考 BLAST 风格表格,ggchord 绘图时 不运行比对工具。环形层次和注释可读性与 Circos、clinker、DNA Features Viewer 进行比较,具体边界记录在仓库设计文档中;这些是概念借鉴,不是复制 API。
精细的 ggchord 图标由用户于 2026-11-01 提供,授权用于网站和说明文档。 完整 PNG 和 WebP 保留逐像素 RGBA,只有导航缩略图调整尺寸。 图标清单记录来源 hash 和准确体积。下方的简洁六边形研究标识、网站 CSS/JS 及文档示意图是本项目原创资产,遵循仓库 MIT 条款。研究标识作为补充方案保留, 不替代用户提供的图标。
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