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使用现有 as_ggchord_*() 适配器转换，除构造函数三表外还返回命名注释/连接集合。集合须显式交给图层，例如 geom_feature(data = result$features$sites)；准备不会添加图层。文件须先用相应读取器导入，不猜测格式、比对、长度、genome 归属或生物学身份。
参数
- seq_data
as_ggchord_seq()接受的序列输入。- ribbon_data
as_ggchord_link()接受的可选成对区间。- gene_data
as_ggchord_feature()接受的可选有方向基因输入；无方向区间放入features。- features, links
注释或成对区间输入的命名列表。
- mapping
命名列表，可含
seq、ribbon、gene列映射，以及与集合同名的features/links映射列表；每项列映射为命名字符向量。- steps
明确辅助步骤参数的命名列表，支持
clean、filter、deduplicate、merge、bundle、optimize。数据由准备函数提供，不可覆盖。
返回值
列表，含 seq_data、ribbon_data、gene_data、features、links、report。report$valid 描述最终有效性，记录前后 validation、feature_issues、逐连接校验、conversions、steps、实际 step_arguments、各输出连接对应原始行的 source_rows 列表、pair_counts 及可选 layout_suggestion。结构转换错误会停止；生物学参照/边界错误留在报告，默认不修复。各阶段报告的行号相对于该阶段输入。
详细说明
默认只转换和校验。可选步骤按 clean、filter、deduplicate、merge、bundle、optimize 顺序执行。steps 各项是对应辅助函数的命名参数列表，空列表请求默认值。clean 只影响构造函数三表，其余步骤只影响 ribbon_data。准备默认将清理的 reversed_interval = "keep" 设为保留方向；显式 "sort" 后不能去重、合并、聚束或优化，因为这些操作依赖方向端点。若已有排序输入的 direction 与端点冲突，也会拒绝，应提供原始方向表。不会静默筛选、合并或重定向几何、命名集合及原输入。优化只返回建议。本流程禁用昂贵的成对重复诊断；显式请求 steps = list(deduplicate = list(...)) 可去重。seq_data 中可选 genome 作为 contig 归组元数据，accver 仍须全局唯一，不拼接 contig。保留已有稳定注释 ID 与父 ID 列表，不由行号制造。重复 ID 可表示分段，特定连接的唯一性由使用者如 find_ggchord_loci() 检查。
示例
代码
library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
select(accver, length)
data(ribbon_data_example)
links <- ribbon_data_example |>
select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send)
data(gene_data_example)
genes <- gene_data_example |>
transmute(accver, start, end, strand = source_strand)
prepared <- prepare_ggchord_data(seqs, links, features = list(genes = genes))
prepared$report