本页完整说明已译为现代汉语；函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。 使用教程
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v0.16.4 候选整合了 v0.16.1–v0.16.3 的绘图、数据及输出契约。冻结是开发基线，不代表 v1.0.0 兼容承诺或完整平台/设备验收；仍可按记录的证据及迁移方式修复正确性问题。
绘图职责
ggchord() 提供参照序列及可选默认输入表，每层保留独立数据、映射、参数和标识。aes() 选择数据角色，标度控制映射规则及图例，几何层绘制实体，Position 局部放置，坐标系选择画布模式，主题控制非数据外观。显式固定值优先于对应映射，保留映射应省略固定参数；用户标度优先于自动默认。geom_gene() 仍是基于通用 geom_feature() 的严格有方向基因快捷入口，未知链保持未知并使用通用入口；质粒预设保留独立默认。固定形状用 shape，映射形状用 feature_shape；基因/注释宽度用 width，标签控制用 label_*，点/区间连接用 link_gap、link_ctrl_point。统一命名不合并不同几何和默认值。弦图、圆图、共线性仍是不同坐标模式；圆图拒绝序列间连接，线性图拒绝圆图专用酶切/引物/中心标签。geom_seq_scale() 是线性 bp 参照尺，scale_seq_position_continuous() 配置基因组轴。名称相似不代表每个几何层都支持所有坐标。
命名与迁移错误
文档优先采用 colour 拼写，已有 color 别名保留。选定 ggplot2/grid 重新导出保持原对象并遵循上游公开契约，本包不冻结其内部或未来签名。退役参数会明确报错并提供替代，不执行兼容代码。v0.16.1 已删除固定 feature_shape、旧宽度/标签/连接端点名称，改用上文名称；当时也删除 gene_offset/feature_offset，改用 position = position_strand(offset = ...)。按链命名偏移已有符号，迁移时旧负链幅值须取负，旧 v1.0.0 删除期限不再适用。自动标签负责旋转、偏移、方向和碰撞；通过 ... 传入手动 label_rotation、label_radial_offset、label_circum_offset、label_circum_limit、label_orientation、label_overlap 会报错，不再忽略。手动使用 geom_gene_label() 或 geom_feature_label()，自动几何选择使用 label_layout。旧 "aligned" 标签请求改为 label_layout = "auto"，酶切 leader = "trunk" 改为 leader = "radial"。构造函数未知参数会停止；普通几何、标度、图例和主题额外参数仍按文档转发及上游错误/警告规则处理，不保证所有未知名称统一失败。几何角色须在布局前计算，受支持的视觉映射可用 after_stat()/after_scale()；不能由旧标签前缀猜测同名替代参数存在。
数据、单位与结果
输入 accver 和 query/subject 标识原样保留，不增删版本。生物学链、显示方向、连接方向不同。外部格式显式适配后，基因组坐标为一基闭区间 bp。缺失值、默认值及 NULL 按各职责定义，不共用一套强制转换。独立清理默认排序反向端点，准备默认保留方向；读取器保留 file/files 并共享路径展开规则。源行、可选依赖、变换、聚合估计及搜索限制见 ggchord_data_contract。布局距离、bp、角度、轨道值域和物理 mm 不可混用。同轨道 ID 共享值域和一致带声明，物理放置不是数值标度。已有文档返回成员保留；按层表优先用 export_ggchord_layout()，完整布局仍用 get_chord_layout()。预览路径与目标尺寸诊断用途不同；稳定字段、来源、测量状态及缓存归属见 ggchord_layout_contract。
示例
代码
library(dplyr)
data(plasmid_example_pUC19)
seqs <- plasmid_example_pUC19 |>
select(accver, length)
feature_source <- find_common_features(plasmid_example_pUC19)
features <- feature_source |>
select(accver, start, end, strand, type, anno)
# ASCII display copy for the default PDF help-example device.
features <- features |>
mutate(anno = gsub("\u03b1", "alpha", anno, fixed = TRUE))
p <- ggchord(seq_data = seqs) +
geom_seq() +
geom_feature(data = features) +
coord_circular()
export_ggchord_layout(p, include = "feature")$metadata$coordinate