校验显式 genome 与 contig 关系 — validate_ggchord

0.16.6 文档

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检查关系键，不推断 genome 归属、不改变序列顺序、不将 contig 拼成连续序列。输入表及元数据原样返回。长度和注释坐标可另用 validate_ggchord_data() 检查。

用法

代码validate_ggchord_hierarchy(seq_data, genomes, strict = FALSE)

参数

seq_data: 包含 accver 和 genome 外键的数据框。
genomes: 包含唯一 genome 主键的数据框。
strict: 逻辑值，关系错误时停止；genome 没有 contig 的警告不会导致失败。

返回值

列表，包含 valid、未修改的 seq_data 与 genomes、issues 问题表（table、row、column、category、severity、message），以及按 genome 顺序的 contigs 表。每个有效唯一 genome 键具有 genome、n_contigs 及 sequence_rows/accvers 列表列。

详细说明

每条序列恰属一个 genome。accver 须全局唯一，即使不同 genome 使用相同局部 contig 名。校验前提供不同显式 ID；本函数不加前缀或改写。没有 contig 的 genome 行报告警告，仍保留在返回表中。

另见

ggchord_data_contract

示例

代码library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
contigs <- seqs |>
  mutate(genome = accver)
genomes <- tibble(genome = seqs$accver)
validate_ggchord_hierarchy(contigs, genomes)