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示例图集
本页目录
- 按任务找图
- 图片与尺寸
- 随包序列与已有比对区间的弦图
- pUC19 注释的单序列圆图
- 按选定注释锚定的随包序列共线性图
- 从随包 pUC19 DNA 计算的 GC 比例
- 保留原始坐标刻度的局部序列视图
- 实际基因注释的自动标签布局
- 原始序列、选定 CDS 与已有比对的弦图
- 原始序列、全部导入 CDS 与筛选连接的线性图
- pUC19 注释、精确引物命中与三个选定酶切位点
- 原始比对记录的区间密度
- 从已有 HSP 区间计算中点的点连接
- pUC19 中重叠注释的分层显示
- pUC19 GC 比例、三点滑动均值和注释类型带
- 两条质粒的 AmpR 邻域：相同 CDS、200 bp 侧翼与源坐标
- 突出显示一条实际比对的查询区间
- 实际基因注释的自动侧边标签
- 同一组基因注释的径向标签
- 同一组基因注释的沿弧标签
- 显式设置序列、链方向和查询类别的颜色标度
- 从真实 minimap2 PAF 结果绘制的两条 EMALE 序列
- 第一张图：两条真实随包序列、基因箭头及已有比对区间
- 四基因组弦图：混合骨架曲率与实测相似度
- pETDuet-1密集质粒图：特征、参考引物与合并酶切位点
- 四基因组共线性图：分链特征与绕行的跨行连接
- 弦图第一步：序列骨架
- 弦图第二步：已有比对
- 弦图第三步：精选基因
- 弦图第四步：逐一添加标签
- 相同骨架，仅替换坐标系
- 相同连接，仅替换坐标系
- 相同基因与标签，仅替换坐标系
- pUC19第一步：双线骨架
- pUC19第二步：特征
- pUC19第三步：标签
- pSB1C3：参考特征图
- pUC19：参考特征图
- pBR322：参考特征图
- pBluescript II SK(+)：参考特征图
- pET-28a(+)：参考特征图
- pETDuet-1：参考特征图
- pDONR221：参考特征图
- pcDNA3.1(+)：参考特征图
- pTRE-Tight-BI：参考特征图
- pTRIPZ：参考特征图
- pCAMBIA1300：参考特征图
- pEarleyGate 201：参考特征图
- pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458)：参考特征图
- 两种语言共用一个来源
- 重建
- 资产来源
按要回答的问题选择案例；缩略图用于找到方向，点击可查看完整尺寸。每张图都链接到数据准备、代码和读图说明。
按任务找图
| 总体关系 | 单序列注释 | 局部位置 | 定量与排版 |
|---|---|---|---|
| 弦图 | 质粒 | CDS 邻域 | GC 轨道 |
| 点连接 | 注释堆叠 | 聚焦 | 标签布局 |
图片与尺寸
随包序列与已有比对区间的弦图
p_chord · 10 × 8 in · 144 dpi
pUC19 注释的单序列圆图
p_circular · 9 × 8 in · 144 dpi
按选定注释锚定的随包序列共线性图
p_collinear · 10 × 6 in · 144 dpi
从随包 pUC19 DNA 计算的 GC 比例
p_tracks · 9 × 8 in · 144 dpi
保留原始坐标刻度的局部序列视图
p_focus · 10 × 6 in · 144 dpi
实际基因注释的自动标签布局
p_labels · 10 × 6 in · 144 dpi
原始序列、选定 CDS 与已有比对的弦图
p_real_chord · 10 × 8 in · 144 dpi
原始序列、全部导入 CDS 与筛选连接的线性图
p_real_linear · 10 × 6 in · 144 dpi
pUC19 注释、精确引物命中与三个选定酶切位点
p_plasmid · 10 × 9 in · 144 dpi
原始比对记录的区间密度
p_density · 10 × 8 in · 144 dpi
从已有 HSP 区间计算中点的点连接
p_points · 10 × 8 in · 144 dpi
pUC19 中重叠注释的分层显示
p_stack · 10 × 5 in · 144 dpi
pUC19 GC 比例、三点滑动均值和注释类型带
p_multitrack · 9 × 8 in · 144 dpi
两条质粒的 AmpR 邻域：相同 CDS、200 bp 侧翼与源坐标
p_homologs · 10 × 5 in · 144 dpi
突出显示一条实际比对的查询区间
p_decorated · 10 × 6 in · 144 dpi
实际基因注释的自动侧边标签
p_labelauto · 12 × 10 in · 144 dpi
同一组基因注释的径向标签
p_labelradial · 12 × 10 in · 144 dpi
同一组基因注释的沿弧标签
p_labelarc · 12 × 10 in · 144 dpi
显式设置序列、链方向和查询类别的颜色标度
p_styled · 10 × 6 in · 144 dpi
从真实 minimap2 PAF 结果绘制的两条 EMALE 序列
p_paf · 10 × 5 in · 144 dpi
第一张图：两条真实随包序列、基因箭头及已有比对区间
p_first · 10 × 5 in · 144 dpi
四基因组弦图：混合骨架曲率与实测相似度
p_show_chord · 12 × 10 in · 144 dpi
pETDuet-1密集质粒图：特征、参考引物与合并酶切位点
p_show_plasmid · 16.5 × 8 in · 144 dpi
四基因组共线性图：分链特征与绕行的跨行连接
p_show_collinear · 12 × 8 in · 144 dpi
弦图第一步：序列骨架
p_learn_seq · 10 × 8 in · 144 dpi
弦图第二步：已有比对
p_learn_links · 10 × 8 in · 144 dpi
弦图第三步：精选基因
p_learn_genes · 10 × 8 in · 144 dpi
弦图第四步：逐一添加标签
p_learn_labels · 10 × 8 in · 144 dpi
相同骨架，仅替换坐标系
p_linear_seq · 10 × 6 in · 144 dpi
相同连接，仅替换坐标系
p_linear_links · 10 × 6 in · 144 dpi
相同基因与标签，仅替换坐标系
p_linear_labels · 10 × 6 in · 144 dpi
pUC19第一步：双线骨架
p_plasmid_backbone · 10 × 8 in · 144 dpi
pUC19第二步：特征
p_plasmid_features · 10 × 8 in · 144 dpi
pUC19第三步：标签
p_plasmid_text · 10 × 8 in · 144 dpi
pSB1C3：参考特征图
p_catalogpsb · 10 × 8 in · 144 dpi
pUC19：参考特征图
p_catalogpuc · 10 × 8 in · 144 dpi
pBR322：参考特征图
p_catalogpbr · 10 × 8 in · 144 dpi
pBluescript II SK(+)：参考特征图
p_catalogblue · 10 × 8 in · 144 dpi
pET-28a(+)：参考特征图
p_catalogpet · 10 × 8 in · 144 dpi
pETDuet-1：参考特征图
p_catalogduet · 10 × 8 in · 144 dpi
pDONR221：参考特征图
p_catalogdonr · 10 × 8 in · 144 dpi
pcDNA3.1(+)：参考特征图
p_catalogpcdna · 10 × 8 in · 144 dpi
pTRE-Tight-BI：参考特征图
p_catalogtre · 10 × 8 in · 144 dpi
pTRIPZ：参考特征图
p_catalogtripz · 10 × 8 in · 144 dpi
pCAMBIA1300：参考特征图
p_catalogcambia · 10 × 8 in · 144 dpi
pEarleyGate 201：参考特征图
p_catalogearley · 10 × 8 in · 144 dpi
pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458)：参考特征图
p_catalogcas · 10 × 8 in · 144 dpi
两种语言共用一个来源
所有图均使用随包数据或有来源的真实记录，见共享文档示例源码 。未为改善外观改写任何原始 FASTA/GFF3/BLAST 记录。 两种语言、README 和 vignette 引用相同图片字节，图注分别说明含义。 源码及资产 hash 记录在资产清单中。
各专题说明显示筛选。GC 来自实际 DNA 计算，同源分组例子核对实际编码序列； 只有诊断示例会故意修改原始记录的副本，并明确标注，不把错误副本当作生物学数据。
重建
在源码仓库中准备好建议的开发依赖后运行：
代码
Rscript tools/documentation-plots.R
python3 tools/sync-tutorials.py --check
python3 tools/build-website.py
python3 tools/check-documentation.pyPNG 设备仅用于更新这些文档图片，不是输出设备矩阵或发布验收。 源码和尺寸位于 tools/documentation-plots.R，参数变化后须重建清单。 自己的图片导出方式见输出。