0.16.6 文档
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file 读取单个 GFF3 文件，files 读取并合并多个文件。files 接受路径及通配模式字符向量，例如 "examples/gff3/*.gff3"。
用法
代码
read_gff3(
file = NULL,
files = NULL,
feature_types = "CDS",
anno_from = c("product", "Name", "gene", "ID"),
unstranded = c("plus", "drop", "keep"),
source_file = FALSE
)
参数
- file
可选路径向量或通配模式，在 files 之前读取。
- files
可选 GFF3 文件字符向量，支持路径和通配模式；读取并合并所有匹配文件。
- feature_types
保留的注释类型字符向量，默认 "CDS"。
- anno_from
GFF3 属性键字符向量，按顺序尝试填充 anno 列。
- unstranded
"plus"（历史默认值）将未知链设为 +，"drop" 删除未知链。使用 "keep" 并通过 geom_feature() 可保留为无方向的 . 区间；source_strand 始终记录原始链。
- source_file
逻辑值，读取一个或多个文件时是否添加 .source_file 列，默认 FALSE。
返回值
数据框，先列出 accver、start、end、strand、anno，随后为 type、source、score、phase、attributes、source_strand、feature_id（解码后的 GFF3 ID 或缺失值）及 parent_ids 列表列。保留不连续注释的重复 ID 和多个父级；按类型筛选可能省略父级。ggchord_import 属性记录文件、逐文件行数及一基闭区间坐标约定。
示例
代码
if (FALSE) { # \dontrun{
library(dplyr)
# Requires the source checkout or tutorial input bundle.
source <- read_gff3("examples/gff3/MT108731.1.gff3", unstranded = "keep")
features <- source |>
select(accver, start, end, strand, anno)
} # }
