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绘制比对区间连接，默认将相似度映射到 ribbon_fill。缺少 pident 时使用固定灰色且不显示相似度图例。不会由端点推断比对长度或相似度；其他映射和图例通过 aes()、scale_*()、guides() 控制。
用法
代码
geom_link_ribbon(
mapping = NULL,
data = NULL,
link_ctrl_point = NULL,
link_gap = NULL,
link_avoid = c("uniform", "none", "smooth"),
link_branch = c("none", "query", "subject"),
link_branch_fraction = 0.15,
fill = NULL,
alpha = 0.42,
colour = "#59636D",
linewidth = 0.08,
linetype = NULL,
adjacent_only = NULL,
pairs = NULL,
position = "identity",
show.legend = TRUE,
inherit.aes = FALSE,
...
)参数
- mapping
默认 NULL，使用预计算数据。
- data
默认 NULL，从布局自动获取。
- link_ctrl_point
可选的贝塞尔边界控制向量/列表。两个数指定共享控制点，四个数分别指定两条边界的控制点；逐行列表可含成对坐标向量。NULL 在弦图中使用原点
c(0, 0)，在线性图中由序列端点推导控制点。共享分支时，控制点影响远端形状，汇合处跟随共享主干。- link_gap
可选数值/向量，控制序列与连接端点的间距。默认
link_avoid = "uniform"时，NULL为每个端点统一选择考虑障碍的间距；"smooth"仅在geom_gene()、geom_feature()多边形附近局部调整，"none"则使用固定 0.035。忽略文字与引导线。提供数值会关闭自动规则并精确使用该间距。线性布局会缩减自动基础间距以适应窄通道；无法容纳的显式间距或注释避让距离会报错。- link_avoid
避障方式：
"uniform"（默认）、"none"或"smooth"。平滑方式局部调整，统一方式在整个端点采用同一间距。- link_branch
共享相同 query 或 subject 端点："none"、"query"、"subject"。
- link_branch_fraction
共享段相对最短成员的长度比例，范围 (0, 0.5]。
- fill
可选固定填色，
NULL保留默认的相似度映射。- alpha, colour, linewidth
标准固定样式。显式值优先于对应映射；省略的默认值不会阻止用户映射。例如映射
ribbon_alpha时应省略alpha。- linetype
固定轮廓线型。默认
NULL对相邻显示序列使用实线，对非相邻序列使用虚线；弦图首尾视为相邻。相邻关系按最终显示顺序确定，与比对方向无关。显式固定样式或aes(ribbon_linetype = ...)（也支持aes(linetype = ...)）覆盖自动样式。数据映射应搭配对应标度，自动样式不会训练线型标度；inherit.aes = TRUE时使用全局线型映射。- adjacent_only
是否只连接相邻序列。
NULL在coord_collinear()中相当于 TRUE，在coord_chord()中相当于 FALSE。设为 FALSE 可保留跨轨道连接；弦图首尾也是相邻。- pairs
可选数据框，以
qaccver和saccver选择无序比较对。adjacent_only = NULL时，显式比较对优先于坐标系默认值。export_ggchord_layout()报告省略行。- position, show.legend, inherit.aes
标准 ggplot2 图层参数。
- ...
传给
geom_polygon()的其他参数。