绘制序列间的点连接 — geom_link

0.16.6 文档

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需要 qaccver、saccver、qpos、spos。位置使用与序列轨道相同的基因组坐标。曲线从 query 指向 subject，因此 arrow() 提供的箭头默认指向 subject。

用法

代码geom_link_line(
  mapping = NULL,
  data = NULL,
  link_type = c("curve", "straight"),
  link_gap = NULL,
  link_ctrl_point = NULL,
  link_avoid = c("none", "smooth", "uniform"),
  link_branch = c("none", "query", "subject"),
  link_branch_fraction = 0.15,
  arrow = NULL,
  colour = "#59636D",
  alpha = 0.6,
  linewidth = 0.4,
  linetype = 1,
  position = "identity",
  show.legend = NA,
  inherit.aes = FALSE,
  ...
)

参数

mapping, data: 标准 ggplot2 映射及图层数据，支持数据函数。
link_type: 连接形状：默认 "curve" 曲线，或 "straight" 直线。
link_gap: 显式端点间距。默认 link_avoid = "none" 时，NULL 使用固定间距 0.035；将 link_avoid 设为 "smooth" 或 "uniform" 可启用考虑图形实体的间距。
link_ctrl_point: 贝塞尔控制点：两个数、四个数或逐输入行列表。
link_avoid: 避障方式："none"（默认）、"smooth" 或 "uniform"；显式间距优先。
link_branch: 共享相同 query 或 subject 端点："none"、"query"、"subject"。
link_branch_fraction: 共享段相对最短成员的长度比例，范围 (0, 0.5]。
arrow: grid 箭头定义或 NULL。
colour, alpha, linewidth, linetype: 固定样式；映射使用 link_* aesthetic。显式固定值优先于对应映射。要保留映射请省略固定参数；inherit.aes = TRUE 时也包括继承的映射。
position, show.legend, inherit.aes: 标准 ggplot2 图层参数。
...: 其他路径参数。

返回值

一个 ggplot2 图层。

示例

代码library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
data(ribbon_data_example)
links <- ribbon_data_example |>
  select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send, pident, length)
points <- links |>
  transmute(qaccver, saccver,
    qpos = floor((qstart + qend) / 2),
    spos = floor((sstart + send) / 2)
  )
ggchord(seq_data = seqs) +
  geom_seq() +
  geom_link_line(data = points)