转换基因组位置与线性布局位置 — map_ggchord

0.16.6 文档

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为普通 ggplot2 注释层转换位置，不修改源表。反向映射返回选定的相对或源 bp。分段布局须指定窗口 accession，而非父源 accession；窗口外及显示间隙中的位置会报错，不外推到省略序列。

用法

代码map_ggchord_position(plot, accver, position, inverse = FALSE, source = FALSE)

参数

plot: 使用 coord_collinear() 的 ggchord 图。
accver: 序列标识，单值或每个位置一个。
position: 数值基因组位置；inverse = TRUE 时为布局 x。
inverse: 是否将布局 x 反向转换为 bp。
source: 聚焦后是否使用原始源坐标。

返回值

数据框，含 accver、position、x 和骨架 y。

示例

代码library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
p <- ggchord(seq_data = seqs) +
  geom_seq() +
  coord_collinear()
map_ggchord_position(p, seqs$accver[1], position = 100)