在 DNA 中查找常见生物学注释 — find_common

0.16.6 文档

本页完整说明已译为现代汉语；函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。使用教程

全站目录 · 按任务查找

按整理的精确序列注释、精确 DNA 及逐记录检测模式搜索内置或兼容自定义数据库。酶切位点不在本接口内，请用 find_restriction_sites()。蛋白匹配使用标准密码六框翻译，不处理替代起始、剪接或跨原点蛋白匹配；源 geneticCode 元数据不选择翻译表。非标准密码使用 mode = "dna" 或外部支持相应密码的分析。confidence 是确定性启发式标签，不是概率或实验确认；identity、coverage 描述报告方法，不是独立验证的生物学功能。

用法

代码find_common_features(
  sequence,
  database = NULL,
  types = NULL,
  features = NULL,
  circular = TRUE,
  mode = c("auto", "dna", "protein"),
  min_protein_identity = 0.9,
  min_protein_coverage = 0.8,
  resolve = c("best", "all")
)

参数

sequence: DNA 文本、命名字符向量，或含 accver、sequence 的数据框。
database: 可选规范化数据库列表或自定义数据框。
types, features: 可选的注释类型及名称/ID 筛选。
circular: 是否跨序列原点搜索。
mode: 匹配模式。"auto" 先为完全已知序列使用整理注释，再按数据库各记录的检测模式处理。标为 exactProteinMatch 的记录先做精确蛋白匹配，再做近精确 DNA 匹配；其余使用精确 DNA。"protein" 显式启用精确及近似蛋白匹配。
min_protein_identity, min_protein_coverage: 近似蛋白匹配阈值，各为 [0, 1] 内单个有限数。
resolve: 返回确定性的最佳注释或所有候选。

返回值

可直接交给 geom_feature()、geom_feature_label_repel() 的数据框。feature_class、feature_shape 提供语义元数据及几何提示，不影响径向堆叠；显式用户 aesthetic 和标度仍优先。segments 列表列保留生物学分段结构。

另见

ggchord_data_contract