全站目录 · 按任务查找
3.3 识别特征、引物与酶切
从已知 DNA 搜索引物、限制酶和常见注释，再决定如何显示；计算命中与实验验证是不同事情。
本页准备
在新的 R 会话中先运行下方代码，再按页面顺序继续。配色和排版是可选的显示设置，输入只选择需要的列。
搜索与显示分开
直接使用随包 pUC19 DNA，查找目录引物的精确命中与选定酶切位点：
代码
data(plasmid_example_pUC19)
target <- setNames(plasmid_example_pUC19$sequence, plasmid_example_pUC19$accver)
primers <- find_primer_bindings(target, set = "universal")
sites <- find_restriction_sites(target, enzymes = c("EcoRI", "BamHI", "HindIII"), methylation = "none")
recognition_seq <- plasmid_example_pUC19 |>
select(accver, length)
p_sites <- ggchord(seq_data = recognition_seq) +
geom_seq() +
geom_primer(data = primers, colour = "#A020F0") +
geom_restriction_site(data = sites, colour = "#29364B") +
coord_circular()
p_sites圆形搜索也检查跨原点的候选位置。线性序列应设置 circular = FALSE。搜索命中是计算匹配， 不等于实验验证。引物 "three_prime" 模式寻找精确后缀，没有错配模型； Wallace 熔解温度估计是基于组成的启发式值。
解释酶切结果
find_restriction_sites() 返回未筛选匹配和切割坐标，filter_restriction_sites() 选择显示集合。酶位点计数针对完整输入序列，筛选后保持不变。 methylation = "auto" 仅为精确识别的内置参考使用已审计背景，不能据此声称未知 样品不受阻断。本例明确选择 "none"，这是搜索条件，不是对实际样品甲基化状态的测量。 geom_restriction_site(leader = "radial") 是默认连线方式。
通用注释识别
find_common_features() 支持精确参考的整理注释、DNA 匹配及逐记录检测模式。 蛋白搜索采用标准遗传密码六框翻译，不处理剪接、替代起始或跨原点蛋白匹配。 来源中的遗传密码元数据不选择另一套翻译表；非标准遗传密码应使用 DNA 匹配或外部 支持相应遗传密码的分析。confidence 是启发式标签，不是概率。 已知蛋白/基因组对应关系应使用显式 CDS 投影。
跟随完整参考注释流程
这个简短流程和完整圆图使用同一条有来源的随包质粒。完整 pUC19 流程将目录注释、 精确参考匹配、酶位点显示筛选、引物标签及注释堆叠组合起来。 只修改序列名称不能让它成为已知参考，有来源的识别依据是序列内容。 应读取结果方法及甲基化来源，不能把参考结论赋予未知样本。
完成后检查
查看命中坐标、方法与来源。酶位点筛选是显示选择；甲基化搜索条件不是对未知样本状态的测量。