本页完整说明已译为现代汉语；函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。 使用教程
全站目录 · 按任务查找
将序列绘为左对齐水平骨架，按 geom_seq(seq_order = ...) 从上到下排列，共享同一线性 bp 标度。seq_orientation = -1 同时反转序列、注释、连接与坐标轴，不修改输入。
参数
- ratio
固定 y/x 纵横比，默认 1。
- xlim, ylim
可选的用户坐标范围；显式范围优先于自动拟合范围。
- expand
逻辑值，是否扩展坐标范围，默认 FALSE。自动拟合已包含少量安全边距；设为 TRUE 可请求 ggplot2 的额外坐标扩展。
- clip
是否将绘图裁剪到面板内，默认
"off"。- fit
拟合策略：
"labels"包含测量后的标签框，"geometry"只拟合几何元素，"manual"要求显式提供xlim和ylim。- align
显示对齐方式：默认
"left"，或"center"、"right"；作用于整条序列或anchor指定区间。- anchor
可选锚点，可为按
accver命名的数值向量，或含accver与position或start/end的数据框。每条显示序列恰好一个锚点；缺失或重复会报错。多拷贝目标须先明确选择。- orientation
默认
"manual"使用geom_seq()提供的方向；"auto"根据区间连接证据选择显示方向，记录支持及未解决情况。- min_support
自动改变方向所需的最小不平衡程度，范围
[0, 1]。正反支持的差值绝对值除以总和，默认 0.1；平局始终视为未解决。- segments
可选数据框，含唯一窗口
accver、row_id及orientation（1 或 -1），须声明全部显示 accession。每个窗口有独立局部坐标和可逆源元数据。- segment_gap
提供
segments时的正显示间隙，单位为 bp 标度，默认 100，不表示基因组连续。
详细说明
geom_seq(seq_gap = ...) 表示相邻骨架间距相对最长骨架宽度的比例，默认 0.3。Position 正偏移向上，负偏移向下，与方向无关。序列名放左端旁；自动注释标签使用局部水平行，固定径向标签竖直、切向标签水平。"outside" 表示上方，"inside" 表示下方。显式序列半径、曲率、ring 映射/标度及标签半径无法转换，会报错；从 coord_chord() 切换时须移除。圆图专用的引物、酶切和中心标签要求 coord_circular()，通用线性注释使用 geom_feature()。跨轨连接可能穿过中间轨道。控制点使用导出布局 x/y 单位，最长骨架宽为 2；提供 segments 时按最长完整显示行计算。圆图专有 external = FALSE 标签约束无法转换，移除后使用线性行布局；基因/注释自动标签模式在线性图共享此策略。align 与 anchor 控制可逆显示平移，无锚点时将整条序列的选定边/中心放在 x=0，有锚点时改用锚点区间。左右均指应用方向后的显示区间，源坐标不变。对齐和自动方向不改变序列顺序。orientation = "auto" 根据与较早显示序列的区间连接权重选择方向，第一条固定参照；歧义、支持不足或无连接的序列保留初始方向，证据保存在布局诊断。这是显示启发式，不是生物学链赋值或全局最优保证，不能与显式 geom_seq(seq_orientation = ...) 组合。使用 segments 时各 accession 仍为独立窗口，共享 row_id 的窗口占同一显示行，表内顺序为从左到右，align 作用于整行。segment_gap 以 bp 标度保留空间，与省略长度无关；内部端点有断裂标记。先用 segment_ggchord_data() 裁剪/切分。局部反转由表中 orientation 控制，与自动方向、显式序列方向及 anchor 冲突。连接相邻关系按显示行判断；同行区间连接省略并报告，不支持显式同行比较对或点连接。
示例
代码
library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
select(accver, length)
data(ribbon_data_example)
links <- ribbon_data_example |>
select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send)
ggchord(seq_data = seqs, ribbon_data = links) +
geom_seq() +
geom_link_ribbon() +
geom_seq_label() +
coord_collinear(orientation = "auto")