筛选要显示的酶切位点 — filter_restriction

0.16.6 文档

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筛选要显示的酶切位点。

用法

代码filter_restriction_sites(
  sites,
  set = c("all", "unique", "unique_dual", "six_plus", "unique_6plus", "commercial",
    "reference"),
  enzymes = NULL,
  min_site_length = NULL,
  cuts = NULL,
  window = NULL,
  commercial_only = FALSE,
  parent_set = c("all", "commercial_all", "commercial_nonredundant")
)

参数

sites: find_restriction_sites() 的结果。
set: 显示预设。"reference" 复用精确识别参考序列保存的酶集合，没有该配置会报错；已保存的 "None" 配置返回空位点。
enzymes, min_site_length, cuts, window, commercial_only: 额外筛选条件。
parent_set: 酶目录子集。"commercial_nonredundant" 为等价识别组和位点保留稳定的单个商业代表，优先使用数据库首选酶。

返回值

行子集，生物学坐标不变。

另见

ggchord_data_contract

示例

代码data(plasmid_example_pSpCas9_BB_2A_GFP_PX458)
sites <- find_restriction_sites(
  plasmid_example_pSpCas9_BB_2A_GFP_PX458
)
reference_sites <- filter_restriction_sites(sites, set = "reference")