将区间转换为 ggchord 通用注释 — as_ggchord

0.16.6 文档

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GRanges 已采用一基闭区间坐标，不再平移。原始链 * 保存在 source_strand，输出使用 strand = "." 与 directionality = "none"。将返回表交给 geom_feature(data = ...) 可保留无方向区间；geom_gene() 要求有方向的基因输入。不会将未知链擅自设为 +。

用法

代码as_ggchord_feature(x, mapping = NULL)

参数

x: 数据框或 GRanges 对象。
mapping: 可选的命名字符向量，将输出角色对应到源列，例如 as_ggchord_seq()。

返回值

普通注释数据框，包含 accver、start、end、strand、directionality，并保留元数据与转换来源。重名元数据加上 metadata_ 前缀；属性中的 column_map 记录输出名称。

另见

ggchord_data_contract

示例

代码library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
data(gene_data_example)
genes <- gene_data_example |>
  transmute(accver, start, end, strand = source_strand)
renamed <- genes |>
  rename(chrom = accver, left = start, right = end)
features <- as_ggchord_feature(renamed,
  mapping = c(accver = "chrom", start = "left", end = "right")
)
ggchord(seq_data = seqs) +
  geom_seq() +
  geom_feature(data = features)