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类似 geom_gene_label()，但使用确定性的外部布局。默认 "radial" 使水平文字沿序列轮廓排列，拥挤名称沿轮廓展开；"auto" 将左右名称对齐成列，其余位置用径向放置；"arc" 沿切线旋转。
用法
代码
geom_gene_label_repel(
mapping = NULL,
data = NULL,
label_layout = "radial",
label_wrap = NULL,
label_fit = "wrap",
label_max_lines = 2L,
label_side = "outside",
max_overlaps = Inf,
label_segment_overlap = "fade",
label_segment_overlap_alpha = 0.18,
label_segment_linetype = "auto",
position = "identity",
show.legend = FALSE,
inherit.aes = FALSE,
label_min_size = 1.5,
...
)参数
- mapping
默认 NULL，使用预计算数据。
- data
默认 NULL，从布局自动获取。
- label_layout
标签布局，默认
"radial"。"radial"沿序列相对轮廓排列水平外部文字，引导线沿法线直出；移位时先沿法线短出，再用长线连接。"auto"在左右共享竖列，其余位置使用径向布局。"arc"沿序列切线旋转文字。旧"aligned"模式已删除，侧列请使用"auto"。- label_wrap
数值或 NULL，默认 NULL。按指定字符数（如 15）对长基因注释换行，覆盖
label_fit。- label_fit
文字适配方式，默认
"wrap"，在确定性布局前处理拥挤或过宽的初始框。"wrap"换行保留完整注释，"ellipsis"缩成一行，"auto"换行且仅超过label_max_lines时加省略号，"none"关闭自适应。显式"shrink"优先内部放置，完整文字最多缩小到label_min_size。仍无法容纳时，按现有策略以请求字号移到旁边/外侧或隐藏。该选项使用注释布局，而不是label_layout选择的外部布局；其他适配方式不变。- label_max_lines
正整数，默认 2；自适应
"wrap"或"auto"允许的最大行数。- label_side
标签位于弧线哪一侧，默认 "outside"。
"auto"保持按链放置；"outside"将本会位于弦图内部、可能覆盖连接的标签移到各弧外侧；"inside"相反。换侧标签使用虚线引导，见label_segment_linetype。- max_overlaps
数值，默认 Inf。避让后仍与超过此数量的其他标签重叠时隐藏，类似 ggrepel 的去拥挤策略；有限值可简化拥挤图。
- label_segment_overlap
引导线被其他标签覆盖部分的绘制方式，默认
"fade"。"fade"降低透明度，"clip"删除覆盖部分，"show"保留完整线。不会影响换行、省略或隐藏。- label_segment_overlap_alpha
[0, 1]内的数值，默认 0.18；仅在label_segment_overlap = "fade"时控制被覆盖引导线部分的相对透明度。- label_segment_linetype
字符或数值，默认 "auto"。
"auto"通常用实线，移到弧线另一侧的标签用虚线；其他合法 ggplot2 线型（如"solid"、"dashed"、"dotted"或数字虚线模式）应用于全部引导线。- position
位置调整。标签使用独立数据或没有几何层时，提供与基因/注释层相同的
position_feature_stack()。- show.legend, inherit.aes
标准 ggplot2 图层参数。
- label_min_size
显式
label_fit = "shrink"的最小字号，单位 mm，默认 1.5，不得超过请求字号。导出标签几何保留原文、请求/最终字号及适配原因。- ...
其他文字样式及绘制选项。自动布局控制旋转、偏移、方向和碰撞策略；手动
label_rotation、label_radial_offset、label_circum_offset、label_circum_limit、label_orientation、label_overlap应使用geom_gene_label()，本层会拒绝这些参数。
详细说明
局部内外侧布局借鉴 SnapGene 与 Geneious 的概念，但使用通用模式名并集成到本包几何系统。见 SnapGene 注释标签 和 Geneious 标签选项。旧版本的底层力、边距、方向及引导线参数已删除，传入会报错。自动放置用 label_layout；手动旋转和偏移用 geom_gene_label()。
示例
代码
library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
select(accver, length)
data(gene_data_example)
genes <- gene_data_example |>
transmute(accver, start, end, strand = source_strand, anno)
ggchord(seq_data = seqs, gene_data = genes) +
geom_seq() +
geom_gene() +
geom_gene_label_repel(label_wrap = 20)