本页完整说明已译为现代汉语；函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。 使用教程
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对三张输入表实施保守、可预测的清理，返回副本和完整报告，不修改原表。所有变更和删除均在 report 记录原始行号、原因、旧值与新值，不静默丢弃。历史默认排序有意区别于准备函数保留方向的默认值。有方向连接和跨圆形原点注释请用 reversed_interval = "keep"；排序丢失的信息无法由后续工作流恢复。
用法
代码
clean_ggchord_data(
seq_data,
ribbon_data = NULL,
gene_data = NULL,
unknown_id = c("drop", "error", "keep"),
out_of_range = c("clip", "drop", "error", "keep"),
reversed_interval = c("sort", "drop", "error", "keep"),
invalid_pident = c("clip", "drop", "error", "keep"),
empty_annotation = c("keep", "drop", "replace"),
replacement_annotation = "unannotated"
)参数
- seq_data
必需 data.frame/tibble，含
accver、length，作为裁剪坐标参照。不论unknown_id如何，参照 ID 均须非缺失、非空、唯一。- ribbon_data
可选比对 data.frame/tibble 或
NULL；其他类型会被拒绝，不视作缺省。- gene_data
可选基因注释 data.frame/tibble 或
NULL；其他类型会被拒绝，不视作缺省。- unknown_id
未知 ID 策略，默认
"drop"。ribbon_data或gene_data中 ID 缺失、为空或未知时，"drop"删除，"error"报错停止，"keep"保持原样。保留但无参照序列的行会报告，不清理其坐标/注释，也不保证能绘制。不会猜测或替换 ID；有限数值坐标和有效基因链等结构检查仍执行。- out_of_range
越界策略，默认
"clip"。坐标超出[1, sequence length]时，"clip"限制到边界，"drop"删除，"error"停止，"keep"保持。采用一基闭区间，start == end是有效单碱基区间，会保留。"clip"时，完全越界的区间删除并报告；部分重叠保留交集，即使仅一个碱基。- reversed_interval
反向区间策略，默认
"sort"。对start > end，"sort"交换端点以稳定绘制，并在报告记录原方向；"drop"删除，"error"停止，"keep"保持。- invalid_pident
相似度策略，默认
"clip"。pident超出[0, 100]时，"clip"限制范围，"drop"删除，"error"停止，"keep"保持。- empty_annotation
空注释策略，默认
"keep"。基因anno缺失或为空时，"replace"用replacement_annotation填充，"drop"删除，"keep"保持。- replacement_annotation
替换文字，默认
"unannotated"，用于empty_annotation = "replace"。
返回值
四项列表：清理后的副本 seq_data、ribbon_data、gene_data，以及 report 报告表，含 table、row（原始行号）、column、reason、original_value、new_value、action。
示例
代码
library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
select(accver, length)
data(ribbon_data_example)
links <- ribbon_data_example |>
select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send, pident, length)
# Deliberate diagnostic error in a copy; source observations remain unchanged.
problem <- links |>
slice_head(n = 2) |>
mutate(qaccver = replace(qaccver, 2, "absent"))
cleaned <- clean_ggchord_data(seqs, problem, unknown_id = "drop")
cleaned$report