绘制通用基因组注释 — geom

0.16.6 文档

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用于 CDS、tRNA、rRNA、重复序列、CRISPR、启动子或自定义注释的通用图层。支持有方向的箭头、矩形、凹口人字形和棒棒糖形，均沿序列的实际局部曲线生成。注释填色与几何形状使用独立的角色标度。

用法

代码geom_feature(
  mapping = NULL,
  data = NULL,
  shape = "arrow",
  width = NULL,
  arrow_head_length = 0.04,
  arrow_head_width = 1,
  arrow_head_style = c("shouldered", "flush", "triangle"),
  short_feature = c("auto", "wedge", "block"),
  segment_boundaries = TRUE,
  boundary_colour = "#666666",
  boundary_linewidth = 0.25,
  boundary_linetype = "22",
  position = "identity",
  show.legend = TRUE,
  inherit.aes = FALSE,
  ...
)

参数

mapping: 可选映射。accver、start、end、strand 等角色 aesthetic 可重命名输入列；普通视觉映射在生成几何后计算。
data: 含 accver、start、end、strand 的数据框，可选 type、category、label。因子列 start/end 使用数值标签而非内部级别编码；坐标必须为有限数值。可提供 display_priority 或逻辑列 prioritized_display。也可用 directionality 或 direction 代替 strand，取值为 "forward"、"reverse"、"bidirectional"、"none"。
shape: 固定注释形状。显式 shape 优先于 aes(feature_shape = ...)：支持 "arrow"、"compact_arrow"、"promoter_arrow"、"primer_arrow"、"marker"、"block"、"capped_line"、"primer_arc"、"chevron"、"lollipop"，默认 "arrow"。使用 aes(feature_shape = type) 与 scale_feature_shape_manual() 将类别映射为形状。
width: 可选数值、向量或列表，控制共享注释几何引擎的宽度。圆图中与标签组合时，基础宽度会在限定范围内响应最终字号。
arrow_head_length, arrow_head_width: 序列局部坐标中的箭头尺寸，与 geom_gene() 共用。arrow_head_width 大于 1 时形成凸出的块状箭头。
arrow_head_style: 箭头构造方式："shouldered" 保留凸出箭头，"flush" 使箭头与主体齐平，"triangle" 绘制完整三角楔形。
short_feature: 注释太短、容不下指定箭头时的处理：自动压缩为方向符号，或改用楔形、矩形。
segment_boundaries: 绘制分段注释携带的内部标记。连续源分段的连接处使用点线；分段级非实线 line_style 可覆盖该样式，cleavage_arrows 坐标可添加或合并生物学切割标记。这些标记不会产生额外箭头。
boundary_colour, boundary_linewidth, boundary_linetype: 内部分段连接处的外观。
position: 注释位置，使用 "identity"、"strand"、"plasmid"、position_strand()、position_plasmid() 或 position_feature_stack()。
show.legend, inherit.aes: 标准 ggplot2 图层参数。
...: 其他固定多边形 aesthetic。

返回值

一个 ggplot2 图层。

示例

代码library(dplyr)
data(plasmid_example_pUC19)
seqs <- plasmid_example_pUC19 |>
  select(accver, length)
feature_source <- find_common_features(plasmid_example_pUC19)
features <- feature_source |>
  select(accver, start, end, strand, type, anno)
# ASCII display copy for the default PDF help-example device.
features <- features |>
  mutate(anno = gsub("\u03b1", "alpha", anno, fixed = TRUE))
ggchord(seq_data = seqs) +
  geom_seq() +
  geom_feature(
    data = features,
    shape = "block"
  ) +
  coord_circular()