标记线性序列的裁剪端点 — geom_seq

0.16.6 文档

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在 coord_collinear() 中为每个截断端点添加两条短斜线。focus_ggchord_data() 元数据确定截断基因组端，序列方向反转时标记随对应显示端移动。标记仅为装饰，不改变源序列或注释坐标。

用法

代码geom_seq_break(
  mapping = NULL,
  data = NULL,
  break_width = 0.02,
  break_height = 0.04,
  linewidth = 0.4,
  colour = "#3D4348",
  position = "identity",
  show.legend = FALSE,
  inherit.aes = FALSE,
  ...
)

参数

mapping, data: 标准映射及序列数据，默认使用图的序列表。截断来自 .truncated_left/.truncated_right，可用时以源区间和长度元数据补充。
break_width, break_height: 整个断裂标记的宽高，单位为线性布局距离，不是 mm。
linewidth, colour: 固定线外观；也可映射普通视觉 aesthetic 并使用 ggplot2 标度。
position, show.legend, inherit.aes: 标准 ggplot2 图层参数。
...: 传给 ggplot2::geom_path() 的其他参数。

返回值

一个 ggplot2 图层；不支持其他 ggchord 坐标系。

示例

代码library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
loci <- tibble(
  accver = seqs$accver, start = floor(seqs$length * .25),
  end = floor(seqs$length * .75)
)
focused <- focus_ggchord_data(seqs, loci = loci)
ggchord(seq_data = focused$seq_data) +
  geom_seq() +
  geom_seq_break() +
  coord_collinear()