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0.16.6 文档

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构建图并以稳定、识别图层的结构返回所选计算几何。每行记录源图层,适用时也记录输入行;几何已有的原始映射列保留。建议通过本接口使用布局表;get_chord_layout() 仍可获取完整列表,两者均保留文档字段。单位、来源及稳定性边界见 ggchord_layout_contract。

用法

代码
export_ggchord_layout(
  plot,
  include = c("seq", "ribbon", "gene", "feature", "labels", "axis", "track"),
  original_data = FALSE
)

参数

plot

一个 ggchord 图。

include

选择组件的字符向量:"seq"、"ribbon"、"gene"、"feature"、"labels"、"link"、"restriction"、"track"、"axis"。点连接及酶切位点须显式选择。

original_data

逻辑值,是否在 original_data 包含逐层解析输入表,默认 FALSE。

返回值

ggchord_layout_export 对象,选定组件为数据框。圆图另含 annotation_registry 表:内部行提供物理轨道、径向宽度/边界,外部行提供区域、扇区、注释类别、主/实际带、溢出原因、引导线交叉数、槽、框及引导线通道。显式内侧的引物及酶切引出标签登记实测内侧框,不分配外侧带或槽。metadata 记录旋转、纵横比、范围、单位和变换状态。线性布局改含 sequence_layout,记录各序列水平范围、骨架 y、方向、每 bp 单位、可逆 x 偏移、锚点及源原点;orientation_diagnostics 记录方向支持、置信程度及未解决情况。Position 轨道是局部偏移,不是圆形物理轨道。label_diagnostics 记录共享线性避让后放置/隐藏标签的源层、行、原因及引导线碰撞。connection_report 记录连接保留/省略源行及原因。存在转换输入时,conversion_reports 保留源类、列重命名、序列信息和对象元数据等转换属性。断裂标记位于 seq。分段线性布局每窗口保留一行 sequence_layout,含 row_id、分段顺序、断裂标志及显示 gap_bp;源 accession、原点/终点/完整长度、局部方向、x 偏移及每 bp 单位描述可逆片段,间隙无源映射。自动断裂路径在序列几何中标为 .decoration = "segment_break",gap_bp 是显示间距而非省略长度。track 选择定量几何;track_registry 记录各 ID/序列带、源层、数值范围、单位及物理测量状态,track_diagnostics 记录保留/缺失/裁剪源行。axis 包含数值轨道轴及显式 bp 参照尺,axis_selection 记录选定序列轴。显式标签缩小新增 label_fit_diagnostics,保留原文、请求/最小/最终字号及回退/隐藏原因。render_context 区分纯布局估计与实际面板测量;目标尺寸测量报告使用 diagnose_ggchord()。

示例

代码
library(dplyr)
library(ggchord)
data(seq_data_example)
data(ribbon_data_example)
p <- ggchord(seq_data_example, ribbon_data_example) +
  geom_seq() +
  geom_link_ribbon()
exported <- export_ggchord_layout(p, include = c("seq", "ribbon"))
names(exported)