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安装与学习路线
首页安装与环境准备选择合适的学习模块模块一『弦图』部分
1.1 输入表与字段含义1.2 生成与导入比对数据1.3 从骨架逐层添加1.4 方向、曲率与避障1.5 筛选与整理连接1.6 原始文件完整流程1.7 弦图综合展示模块二『共线性图』部分
2.1 复用弦图的数据2.2 只替换坐标系,再逐层添加2.3 跨行连接、避障与比例尺2.4 比较基因邻域2.5 局部、锚定与分段2.6 共线性综合展示模块三『质粒图』部分
3.1 DNA、注释与13个参考序列3.2 从圆圈到多层注释3.3 识别特征、引物与酶切3.4 13个质粒参考案例3.5 质粒综合实战按需查阅:数据与图层
数据与坐标导入和转换数据导入核酸和蛋白比对将蛋白区间转换为基因组坐标绘制注释与处理重叠放置和调整标签添加数据轨道设置配色、图例和主题按序列和链设置参数调整图形预览和保存图形学习地图与函数查阅
使用教程函数文档示例图集常见问题迁移到候选 API术语说明更新日志构建图并以稳定、识别图层的结构返回所选计算几何。每行记录源图层,适用时也记录输入行;几何已有的原始映射列保留。建议通过本接口使用布局表;get_chord_layout() 仍可获取完整列表,两者均保留文档字段。单位、来源及稳定性边界见 ggchord_layout_contract。
用法
代码
export_ggchord_layout(
plot,
include = c("seq", "ribbon", "gene", "feature", "labels", "axis", "track"),
original_data = FALSE
)返回值
ggchord_layout_export 对象,选定组件为数据框。圆图另含 annotation_registry 表:内部行提供物理轨道、径向宽度/边界,外部行提供区域、扇区、注释类别、主/实际带、溢出原因、引导线交叉数、槽、框及引导线通道。显式内侧的引物及酶切引出标签登记实测内侧框,不分配外侧带或槽。metadata 记录旋转、纵横比、范围、单位和变换状态。线性布局改含 sequence_layout,记录各序列水平范围、骨架 y、方向、每 bp 单位、可逆 x 偏移、锚点及源原点;orientation_diagnostics 记录方向支持、置信程度及未解决情况。Position 轨道是局部偏移,不是圆形物理轨道。label_diagnostics 记录共享线性避让后放置/隐藏标签的源层、行、原因及引导线碰撞。connection_report 记录连接保留/省略源行及原因。存在转换输入时,conversion_reports 保留源类、列重命名、序列信息和对象元数据等转换属性。断裂标记位于 seq。分段线性布局每窗口保留一行 sequence_layout,含 row_id、分段顺序、断裂标志及显示 gap_bp;源 accession、原点/终点/完整长度、局部方向、x 偏移及每 bp 单位描述可逆片段,间隙无源映射。自动断裂路径在序列几何中标为 .decoration = "segment_break",gap_bp 是显示间距而非省略长度。track 选择定量几何;track_registry 记录各 ID/序列带、源层、数值范围、单位及物理测量状态,track_diagnostics 记录保留/缺失/裁剪源行。axis 包含数值轨道轴及显式 bp 参照尺,axis_selection 记录选定序列轴。显式标签缩小新增 label_fit_diagnostics,保留原文、请求/最小/最终字号及回退/隐藏原因。render_context 区分纯布局估计与实际面板测量;目标尺寸测量报告使用 diagnose_ggchord()。
