1.1 输入表与字段含义

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三张表的最小形状
名称与可选列
查看真实表格
坐标与方向

先认识表格，再决定使用哪些图层。弦图是ggchord最早的核心视图；早期工作流围绕BLAST比对表展开，因此保留了紧凑的BLAST风格字段。这里的“多序列比对弦图”展示多条序列间已有的区间比对，绘图本身不执行多序列比对算法。

三张表的最小形状

表	必需列	每行的含义
seq_data	accver, length	一条序列及其完整长度，bp
ribbon_data	qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send	两条序列上的一对已有比对区间
gene_data	accver, start, end, strand	一个有已知正负链的基因区间

只画骨架时，后两张表都不需要。通用注释可保留未知链，请使用 geom_feature()，不要冒充有方向的基因。

名称与可选列

accver 源于 accession.version，但值可为任意稳定字符串，例如自己的contig名称；不会自动添加或删除版本号。q 是query，s 是subject，所以 qstart 是query端起点。两个标识都必须能在序列表中找到。

pident 是百分比相似度，仅映射或筛选相似度时需要；比对表的 length 是比对长度，序列表的 length 是完整序列长度，二者不能混用。evalue、bitscore、qlen、slen 按分析需求保留。基因的 anno 是可选注释文字；要画标签时提供它。其他类别列可供 aes() 映射，不是强制输入。

查看真实表格

代码library(ggchord)
library(dplyr)
seq_data_example |> select(accver, length) |> slice_head(n = 3)
ribbon_data_example |> select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send) |> slice_head(n = 3)
gene_data_example |> transmute(accver, start, end, strand = source_strand, anno) |> slice_head(n = 3)

这些行来自随包真实记录；原始生物学链在该历史教学对象的 source_strand 中，因此显式恢复。自己的GFF3读入结果直接使用其 strand。

坐标与方向

使用一基闭区间bp坐标。基因 start <= end，方向另存于 strand。连接端点次序可表达反向比对；不要一律排序。未知完整长度不能由最大特征终点推断。详细契约见数据与坐标。

继续：1.2 从分析结果到输入表。