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自动安排通用注释标签。
用法
代码
geom_feature_label_repel(
mapping = NULL,
data = NULL,
label_layout = c("feature", "radial", "auto", "callout"),
label_wrap = NULL,
label_fit = c("wrap", "none", "ellipsis", "auto", "shrink"),
label_max_lines = 2L,
label_side = c("outside", "inside", "auto"),
max_overlaps = Inf,
external = TRUE,
position = "identity",
show.legend = FALSE,
inherit.aes = FALSE,
label_min_size = 1.5,
label_segment_overlap = "fade",
label_segment_overlap_alpha = 0.18,
label_segment_linetype = "auto",
...
)参数
- mapping, data
标准图层输入；通过
label映射注释文字。- label_layout
布局支持
"feature"、"radial"、"auto"、"callout"。默认"feature"遵循质粒图习惯：先尝试内部，再放到固定半径的内部轨道。所有非外部文字均按选定轨道半径逐字排布，而不是整体旋转成直线；注释与标签之间隔着一个或多个轨道时绘制浅色引导线。需要不受限制的外部引出标签时选择其他模式。- label_wrap, label_fit, label_max_lines
文字适配控制。显式
label_fit = "shrink"优先尝试内部位置，不截断原文；字号下限由label_min_size决定。仍无法解决的标签保持请求字号，放在相邻/外侧或隐藏；其他模式维持已有行为。- label_side
支持
"inside"、"outside"或"auto"。- max_overlaps
允许尚未解决的最大重叠数。
- external
内部和相邻位置都无法容纳后，是否允许放到圆形骨架外。
FALSE时隐藏无法解决的标签，不无限向内推。外部标签使用注释最终填色的浅色圆角框；与圆图酶切标签共存时，各自保留布局语义，但在坐标系共同管理的外部区域登记最终框，防止占用同一空间。- position
标签锚点使用的注释 Position。在
coord_collinear()中，省略时共享匹配注释层的轨道；显式 Position 只改变标签锚点，不移动多边形。若两组输入均有唯一feature_id，标签可取子集或重排，但序列标识、区间和链须一致。没有 ID 时，继承要求区间行及顺序完全相同。多个匹配几何层需要显式标签 Position 或无歧义注释 ID。- show.legend, inherit.aes
标准 ggplot2 图层参数。
- label_min_size
显式缩小模式的最小字号，单位 mm，默认 1.5，不得超过请求字号。导出标签保留原文、请求/最终字号与适配原因。
- label_segment_overlap
引导线被其他标签覆盖部分的绘制方式，默认
"fade"。"fade"降低透明度，"clip"删除覆盖部分，"show"保留完整线。不会影响换行、省略或隐藏。- label_segment_overlap_alpha
[0, 1]内的数值，默认 0.18；仅在label_segment_overlap = "fade"时控制被覆盖引导线部分的相对透明度。- label_segment_linetype
字符或数值，默认 "auto"。
"auto"通常用实线，移到弧线另一侧的标签用虚线；其他合法 ggplot2 线型（如"solid"、"dashed"、"dotted"或数字虚线模式）应用于全部引导线。- ...
其他文字参数。
详细说明
手动旋转、偏移、方向和碰撞策略属于 geom_feature_label()；自动图层会拒绝相关 label_* 控制，而不是静默忽略。
示例
代码
library(dplyr)
data(plasmid_example_pUC19)
seqs <- plasmid_example_pUC19 |>
select(accver, length)
feature_source <- find_common_features(plasmid_example_pUC19)
features <- feature_source |>
select(accver, start, end, strand, type, anno)
# ASCII display copy for the default PDF help-example device.
features <- features |>
mutate(anno = gsub("\u03b1", "alpha", anno, fixed = TRUE))
ggchord(seq_data = seqs) +
geom_seq() +
geom_feature(data = features, position = position_plasmid()) +
geom_feature_label_repel(data = features, position = position_plasmid()) +
coord_circular()