将 BED 区间读为 ggchord 注释 — read

0.16.6 文档

本页完整说明已译为现代汉语；函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。使用教程

全站目录 · 按任务查找

读取标准 BED3 至 BED12，将零基半开区间转换为一基闭区间，标识原样保留。跳过空行、注释和自定义轨道头。同一文件的数据行必须具有相同字段数。零宽插入不能表示为非空基因组区间，会明确报错。

用法

代码read_bed(file = NULL, files = NULL, source_file = FALSE)

参数

file: 可选路径向量或通配模式，在 files 之前读取。
files: 可选路径或通配模式，用于多个 BED 文件。
source_file: 逻辑值，是否添加 .source_file 列，默认 FALSE。

返回值

注释数据框，含 accver、start、end、strand、directionality、原始 chromStart/chromEnd、可选 BED 字段及物理文件行号 .source_line。ggchord_import 属性记录输入/输出坐标约定和文件。

详细说明

BED 名称是标签，不保证是唯一注释 ID。未指定链时保留 "." 和 directionality = "none"，应使用 geom_feature() 绘制。可选字段保留 BED 名称和原坐标约定，包括零基 thickStart、thickEnd 及相对 blockStarts。BED12 在检查块数量、边界和不重叠后，额外生成一基闭区间的 segments 列表列；两条链均按基因组顺序保留块。不由 BED 显示字段推断颜色或形状。超过第 12 列的扩展须显式使用 as_ggchord_feature() 转换数据框。

另见

https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1

ggchord_data_contract

示例

代码library(dplyr)
data(plasmid_example_pUC19)
feature_source <- find_common_features(plasmid_example_pUC19)
features <- feature_source |>
  select(accver, start, end, strand, type, anno)
bed <- tempfile(fileext = ".bed")
bed_rows <- features |>
  transmute(accver, start0 = start - 1L, end)
write.table(bed_rows, bed,
  sep = "\t", quote = FALSE, row.names = FALSE, col.names = FALSE
)
read_bed(bed)
unlink(bed)