0.16.6 文档
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在归一化 query/subject 网格中聚合邻近连接。聚束始终显式进行：除非用户提供返回数据，geom_link_ribbon() 仍每行绘制一条。按端点相对方向分组，两端同时反转仍可同组；外包区间遵循首行绝对方向。长度和相似度是源数据按长度加权的均值，长度取整，不是新比对统计。冲突元数据转为同类型缺失值；用 group_by 分开源类别，并保留原输入及源行报告。单碱基端点无法定义绝对聚合方向，保持独立；密度仍可计数而不合并几何。
用法
代码
bundle_ggchord_ribbons(
ribbon_data,
seq_data,
bins = 80L,
min_bundle = 2L,
weight = c("length", "count", "pident"),
group_by = NULL
)
参数
- ribbon_data
ggchord 连接格式的比对数据。
- seq_data
含 accver、length 的序列数据。
- bins
每条序列归一化中点分箱的正整数数量，默认 80。
- min_bundle
聚合至少需要的行数，默认 2；较小组仍保留独立连接。
- weight
聚束权重："length"、"count" 或 "pident"；相似度权重为比对长度乘以相似度比例。
- group_by
可选分组列，值须一致才能聚束。
返回值
列表，含 data 与 report。数据含 .bundle_n、.bundle_weight、.bundle_density，报告将每个输出映射回源行。
示例
代码
library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
select(accver, length)
data(ribbon_data_example)
links <- ribbon_data_example |>
select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send, pident, length)
out <- bundle_ggchord_ribbons(links, seqs, bins = 30)
out$report
