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读取、适配、校验、显式清理和准备相互分离；这些步骤均不运行 BLAST、不由注释推断完整长度、不实验验证同源性、不添加图层。
详细说明
- 读取
六个
read_*()函数解析本地文件。file、files均接受路径向量和通配模式；同时提供时file先于files。按模式顺序展开，规范化路径只读一次，保留首次提供的拼写。缺失、空、无匹配或目录路径均失败。文本须为 UTF-8，表格读取器接受开头 BOM；其他编码须先转换。导入属性记录格式、文件、输出数；表格和 FASTA 长度保留物理.source_line，可选.source_file提供逐行文件标识。GenBank 在报告保留记录/注释索引及原文。字段数错误会停止，不在行间移动字段。BLAST/GFF3 数值转换异常会警告并保留缺失值供检查。- 适配
as_ggchord_*()接受文档表格或可选区间/序列对象，立即检查必需 ID 和正整数坐标；零基表须显式转换。元数据重名加前缀并保留列映射。必需坐标 NA 报错，无关元数据 NA 保留。Seqinfo、对象元数据、名称及上游来源保存在转换属性，不自动安装可选包。- 校验
validate_ggchord_data()汇报全部收集问题，不修改输入；strict = TRUE在收集后有错误时停止。逻辑参数错误立即停止。校验器面向构造函数的序列/连接/基因三表；未知链通用注释放在准备函数命名集合。坐标检查不证明比对或生物学注释正确。- 清理
clean_ggchord_data()显式应用策略，报告原行和前后值。保留历史reversed_interval = "sort"；有方向连接或跨原点注释应使用"keep"，排序丢失的含义后续无法恢复。未知 ID 的"keep"是审计策略，不保证可绘制。NULL 表示可选表缺省，空表仍为表。- 准备
prepare_ggchord_data()先适配、校验，再按文档顺序只运行请求步骤。清理默认reversed_interval = "keep"，因为下游使用端点方向。适配错误先于清理，必要时应另行清理/删除格式错误 ID。命名注释/连接保持独立，报告区分阶段局部行和组合后的原始连接源行集合。
坐标与方向
基因组为一基闭区间，start == end 是一个碱基。显式适配器要求整数坐标；历史构造校验、清理和原始 focus 接受有限数值，其成功不证明坐标是整数。生物数据优先整数窗口，需要严格检查时先适配。BED/PAF 半开 [a,b) 转为 [a+1,b]；零宽记录无法变为非空区间，拒绝。连接端点顺序表达相对方向，不表示跨圆原点。注释 start > end 依上下文：圆图可切分跨原点连接，线性窗口要求显式有序片段及外包区间；原始 focus 区域取边界 min/max，不回绕。strand 是生物学注释，orientation 是显示选择，连接 direction 是相对方向。单碱基端点没有次序，可用提供的链/相对方向作证据，否则未知。合并和聚束保留这些行独立，不制造聚合方向；密度和去重区分未知与已知。适配器保留未知链；GFF3 显式历史 unstranded = "plus" 是例外，仍保留 source_strand，方向未知时优先 unstranded = "keep" 及通用注释层。绘图使用连续轴而非碱基栅格：注释/轴的弦图锚点用 pos/length，点连接用 (pos-1)/length；历史图形偏移不改变存储坐标。单碱基注释可用点或加宽符号。本次数据修订不为图形引入新端点约定。
选择、投影和聚合
focus 同时裁剪所选表并组合最早源坐标，重叠窗口可复制行。连接裁剪插值端点对应、取整到 bp 并标记长度估计，保留而不重算相似度。分段准备创建独立窗口及显式间隙，不拼接生物序列。位置映射在选定线性窗口内可逆，拒绝分段间隙。CDS 投影使用观测完整密码子及显式 phase/部分策略，不按存储密码 ID 翻译；投影连接的蛋白相似度/长度保留源前缀。筛选保留整行，去重选择代表并报告删除，不合并统计。merge 生成外包区间，报告源集合、长度及相似度。bundle 按序列对、相对方向及中点分箱分组，两端可同时反转，外包端点遵循首行绝对方向；长度为源长度按长度加权后取整的均值，相似度为长度加权均值，冲突元数据变为同类型 NA。这些不是新比对；须分开的元数据通过 group_by 指定。密度保留全部行，以该序列对最大分箱归一化权重，不是覆盖率或概率。优化只建议显示顺序/方向，不改变链或两端角色。