沿序列骨架突出显示区域 — geom_seq

0.16.6 文档

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沿序列弧为一个或多个坐标区间绘制矩形带，用于标记区域、重复序列、CRISPR 阵列或自定义区域，无需将其变为基因箭头。

用法

代码geom_seq_region(
  mapping = NULL,
  data = NULL,
  fill = "#F59E0B",
  colour = "#B45309",
  alpha = 0.25,
  region_width = 0.08,
  region_offset = 0,
  region_side = c("inside", "outside", "auto"),
  position = "identity",
  show.legend = FALSE,
  inherit.aes = FALSE,
  ...
)

参数

mapping: 默认 NULL，使用预计算数据。
data: 数据框，至少含 accver、start、end，可选 label、category、color。因子 start/end 使用数值标签而非级别编码。
fill: 区域默认填色，默认 "#F59E0B"。
colour: 轮廓颜色，默认 "#B45309"。
alpha: 0–1 数值，区域透明度，默认 0.25。
region_width: 区域带宽，单位为弦图半径，默认 0.08。
region_offset: 相对序列弧的径向偏移，默认 0。
region_side: 侧向取 "inside"、"outside" 或 "auto"；"auto" 在可能时放在弦图内侧。
position, show.legend, inherit.aes: 标准 ggplot2 图层参数。
...: 传给 geom_polygon() 的其他参数。

返回值

一个 ggplot2 图层。

示例

代码library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
data(ribbon_data_example)
links <- ribbon_data_example |>
  select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send)
region <- tibble(
  accver = links$qaccver[1], start = min(links$qstart[1], links$qend[1]),
  end = max(links$qstart[1], links$qend[1])
)
ggchord(seq_data = seqs) +
  geom_seq() +
  geom_seq_region(data = region)