绘图前筛选比对区间 — filter_ggchord

0.16.6 文档

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保留满足全部条件的行，可选择排序；保留所有额外列及原列顺序，原始行号记在 source_rows 属性。每个非 NULL 数值阈值须为单个有限数；判定列须为数值，缺失值不通过对应条件。

用法

代码filter_ggchord_ribbons(
  ribbon_data,
  seq_ids = NULL,
  min_pident = NULL,
  max_pident = NULL,
  min_length = NULL,
  max_evalue = NULL,
  min_bitscore = NULL,
  min_query_coverage = NULL,
  min_subject_coverage = NULL,
  keep_pairs = NULL,
  drop_self_links = TRUE,
  sort_by = NULL
)

参数

ribbon_data: 数据框，至少含 qaccver、saccver，通常为完整连接格式。
seq_ids: 可选字符向量，只保留 query、subject 都位于 seq_ids 的行。
min_pident, max_pident: 可选数值，pident 的下限/上限。
min_length: 可选数值，length 下限。
max_evalue: 可选数值，evalue 上限，要求 evalue 列。
min_bitscore: 可选数值，bitscore 下限，要求 bitscore 列。
min_query_coverage: 可选 0–100 数值，查询覆盖率下限。优先使用 qcovs，否则由 qlen 与查询区间计算，要求 qlen。
min_subject_coverage: 可选 0–100 数值，目标覆盖率下限，由 slen 与目标区间计算，要求 slen 列。
keep_pairs: 可选数据框、列表或矩阵，指定无向序列对。数据框/矩阵前两列为 query/subject ID，列表各项为长度 2 的字符向量；任一方向匹配即保留。
drop_self_links: 逻辑值，默认 TRUE，是否删除 qaccver == saccver 的行。
sort_by: 可选排序列名字符向量，用 "-" 或 "desc:" 前缀表示降序，例如 c("pident", "-evalue")。

返回值

列表，含筛选后数据框 data（带 source_rows 属性）及 report，记录输入/保留/删除数量、各原因及相关行。

另见

ggchord_data_contract

示例

代码library(dplyr)
data(ribbon_data_example)
links <- ribbon_data_example |>
  select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send, pident, length)
out <- filter_ggchord_ribbons(links, min_pident = 95, min_length = 500)
out$report