0.16.6 文档
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安装与学习路线
首页安装与环境准备选择合适的学习模块模块一『弦图』部分
1.1 输入表与字段含义1.2 生成与导入比对数据1.3 从骨架逐层添加1.4 方向、曲率与避障1.5 筛选与整理连接1.6 原始文件完整流程1.7 弦图综合展示模块二『共线性图』部分
2.1 复用弦图的数据2.2 只替换坐标系,再逐层添加2.3 跨行连接、避障与比例尺2.4 比较基因邻域2.5 局部、锚定与分段2.6 共线性综合展示模块三『质粒图』部分
3.1 DNA、注释与13个参考序列3.2 从圆圈到多层注释3.3 识别特征、引物与酶切3.4 13个质粒参考案例3.5 质粒综合实战按需查阅:数据与图层
数据与坐标导入和转换数据导入核酸和蛋白比对将蛋白区间转换为基因组坐标绘制注释与处理重叠放置和调整标签添加数据轨道设置配色、图例和主题按序列和链设置参数调整图形预览和保存图形学习地图与函数查阅
使用教程函数文档示例图集常见问题迁移到候选 API术语说明更新日志更新日志
当前版本
本页对应 ggchord 0.16.6,包含 0.16.0–0.16.4 开发阶段的累积改动。 正式标签、附件和发布时间以 GitHub Releases 为准。
RC修复与渐进教程
- 按弦图→共线性图→质粒图编排模块,覆盖表格、导入、逐层构图及13个有来源的质粒案例。
- 打磨四序列展示、统一背景和箭头图例,正确应用显式图例字号。
- 修复内侧引物位置及酶切registry侧别,消除tibble可选列的多余警告。
- 保留候选签名、灵活语法、别名和重导出,没有新增迁移或弃用;密集标签仍可能隐藏或跨图层交叠。
本版改进
- 重组入门、完整工作流、任务指南与参考入口;首图教程覆盖安装、最小输入、读图、保存和排查,各专题提供本页准备代码。
- 完整汉语函数参考包含参数、返回值和说明,保留同页英语切换;译文随源摘要核对。
- 重设计排版、章节导航、图集与数据配色;按问题选用总体弦图、单序列圆图和局部 CDS 比较。顶栏常驻,手机目录与图片预留尺寸改善长页阅读。
- 改用 pkgdown 和 Bootstrap 5 的包文档布局,保留同页语言切换、搜索、目录、代码折叠和复制。
- 首页分别展示弦图、单序列圆图、共线性图;所有文档图支持放大及查看原始尺寸。
- 例子优先使用随包数据和有来源的真实文件,先选取必要行列,再传入函数。
- GC 轨道由实际 DNA 计算;同源例子按真实 CDS 序列核对,不捏造测量或分组。
- 比对教程采用标准 BLAST 12 列,补充真实 PAF、BLASTp 读取、CDS 投影及格式转换。
- 补充逐序列/逐链参数的支持范围、推荐写法和兼容边界;原生 aa 绘图另列方案。
- 修复空引物命中表无法组合绘图的问题;四列基因表不再丢失默认链配色或忽略用户标度。
- 用户原画保持完整分辨率和逐像素无损编码。函数签名与候选 API 保持一致, 默认调色板未更改;文档图按类别或数值选择的配色在例子中明确指定。
过去版本与迁移
完整 NEWS 原文(英语)保留历史变化。 历史条目中的旧入口不要直接作为当前调用;请使用迁移指南。 本文的本地开发检查不代表正式发布验收。