迁移到候选 API

本页目录

范围与时间
替代表
运行当前替代
保留的支持

范围与时间

下列写法是当前候选替代，不是 v1.0.0 长期兼容承诺。0.16.0–0.16.4 阶段成果已随 v0.16.5 交付。当前安装标签为 v0.16.6。RC 审计保留灵活参数、拼写别名、重导出及 getter/export 入口，没有新增弃用。表中的旧调用用于解释迁移，不应作为当前例子执行。历史证据只提供删除上界时，不猜测精确首删 tag。

替代表

旧写法（勿执行）	当前写法	删除 / 守卫	含义
`geom_ribbon()`	`geom_link_ribbon()`	≤ 0.16.1	连接图层改名，不影响 ggplot2::geom_ribbon()。
`ggchord(..., rotation = 20)`	`ggchord(...) + coord_chord(rotation = 20)`	≤ 0.16.1	全局坐标使用 + 组合。
`geom_feature(feature_shape = "block", feature_width = .05)`	`geom_feature(shape = "block", width = .05)`	0.16.1	映射角色 feature_shape 保留。
`geom_gene(gene_offset = c("+" = .1, "-" = .2))`	`geom_gene(position = position_strand(c("+" = .1, "-" = -.2)))`	0.16.1	显式 Position 值带符号。
`geom_feature(feature_offset = .1)`	`geom_feature(position = position_strand(.1))`	0.16.1	使用 Position 对象。
`geom_gene(gene_width = .05)`	`geom_gene(width = .05)`	0.16.1	固定几何统一使用 width。
`geom_link_ribbon(ribbon_gap = .01)`	`geom_link_ribbon(link_gap = .01)`	0.16.1	使用 link_gap，控制点同样使用 link_ctrl_point。
`geom_gene_label_repel(gene_label_layout = "aligned")`	`geom_gene_label_repel(label_layout = "auto")`	0.16.1	同时迁移参数名和取值。
`geom_gene_label_repel(label_rotation = 90)`	`geom_gene_label(label_rotation = 90)`	0.16.4 guard	原先忽略的手动控制现报错，也可删除它使用自动布局。
`geom_feature_label_repel(label_orientation = "horizontal")`	`geom_feature_label(label_orientation = "horizontal")`	0.16.4 guard	未知链 feature 使用固定 feature 标签层。
`geom_restriction_site(leader = "trunk")`	`geom_restriction_site(leader = "radial")`	0.16.1	radial 默认值保持。
`theme_ggchord(base_size = 10)`	`theme_ggchord() + theme(text = element_text(size = 10))`	≤ 0.16.1	文字外观属于 theme 元素。

运行当前替代

在新会话中运行下面的准备代码，再执行当前替代写法：

准备代码 · 在本页运行一次

代码library(ggchord)
library(dplyr)
data(seq_data_example)
data(ribbon_data_example)
data(gene_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
links <- ribbon_data_example |>
  select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send)
# The fixture preserves biological strands separately from its old display strands.
genes <- gene_data_example |>
  transmute(accver, start, end, strand = source_strand)

library(dplyr)
data(plasmid_example_pUC19)
plasmid_seq <- plasmid_example_pUC19 |>
  select(accver, length)
feature_source <- find_common_features(plasmid_example_pUC19)
features <- feature_source |>
  select(accver, start, end, strand, type, anno)

代码p_migrated <- ggchord(plasmid_seq) +
  geom_seq() +
  geom_feature(data = features, shape = "block", width = .05) +
  geom_feature_label(data = features, label_rotation = 0) +
  coord_circular()
p_offsets <- ggchord(seqs, gene_data = genes) +
  geom_seq() +
  geom_gene(position = position_strand(c("+" = .1, "-" = -.2)))

旧负链 offset 幅度在显式 Position 中需要负号。映射仍使用 aes(feature_shape = type) 配合 shape 标度，固定参数则为 shape。自动标签使用 label_layout，手动几何控制使用相应固定标签层。 label_layout = "aligned" 改为 "auto"。已删除名称明确报错，不保留静默执行路径。

保留的支持

五个 colour/color 拼写别名、全部上游重导出、gene/注释/plasmid 快捷入口及 getter/export 两类几何接口均保留。各坐标默认差异和已记录结果字段保持。NULL/NA/缺参语义应查阅接口说明和当前参考；NULL 不统一表示关闭。