用图层组合弦图、圆图和共线性图

0.16.6 文档

本页完整说明已译为现代汉语；函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。使用教程

全站目录 · 按任务查找

使用 ggplot2 的图层语法展示多序列比对、单序列圆图或线性共线性。构造函数提供数据与校验；通过 geom_*() 添加几何，使用 coord_chord()、coord_circular() 或 coord_collinear() 选择全局视图，使用映射和标度表达数据差异，用主题控制非数据外观。布局在构建图时才计算，例如调用 print()、ggsave() 或 ggplot_build()。

用法

代码ggchord(
  seq_data,
  ribbon_data = NULL,
  gene_data = NULL,
  debug = FALSE,
  validate = c("warn", "error", "none"),
  ...
)

参数

seq_data: 含 accver 和 length 的 data.frame/tibble，或已知完整序列长度的 GRanges、Seqinfo、GInteractions 对象，或已命名的核苷酸 Biostrings XStringSet。未命名序列须先通过 as_ggchord_seq() 显式提供 ids。可选 S4 输入使用 as_ggchord_seq()。若存在 sequence_unit，其值必须为 "bp"；氨基酸区间须显式投影到 CDS，任意字符宽度不等于 bp 长度。
ribbon_data: 可选比对表，包含 qaccver、saccver、qstart、qend、sstart 和 send。只有映射、筛选或统计需要时，才要求 length 和 pident。GInteractions 通过 as_ggchord_link() 转换，不编造相似度或比对长度。
gene_data: 可选基因表，包含 accver、start、end 和 strand；可省略注释 anno。接受有方向的 GRanges；未知链区间请使用 geom_feature(data = ...)。
debug: 逻辑值，是否输出调试信息，默认 FALSE。
validate: 字符值，默认 "warn"。控制结构化输入校验，见 validate_ggchord_data："warn" 在发现问题时发出一条汇总警告，并在图对象的 p$ggchord$validation 缓存完整报告；"error" 在严重问题时停止；"none" 跳过诊断性校验，但仍执行防止崩溃的基础结构检查。
...: 保留用于为已删除的构造函数参数提供明确迁移错误。外观设置使用 labs()、coord_chord() 和 theme()。

返回值

继承 ggplot 的 ggchord 对象，可用 + 添加 geom_* 图层。

另见

ggchord_api_contract, ggchord_data_contract, ggchord_layout_contract, view_ggchord()

示例

代码library(dplyr)
library(ggchord)
data(seq_data_example)
data(ribbon_data_example)
data(gene_data_example)

seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
links <- ribbon_data_example |>
  select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send)
genes <- gene_data_example |>
  transmute(accver, start, end, strand = source_strand)
p <- ggchord(
  seq_data = seqs,
  ribbon_data = links,
  gene_data = genes
) +
  geom_seq() +
  geom_link_ribbon() +
  geom_gene()
print(p)