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安装与学习路线
首页安装与环境准备选择合适的学习模块模块一『弦图』部分
1.1 输入表与字段含义1.2 生成与导入比对数据1.3 从骨架逐层添加1.4 方向、曲率与避障1.5 筛选与整理连接1.6 原始文件完整流程1.7 弦图综合展示模块二『共线性图』部分
2.1 复用弦图的数据2.2 只替换坐标系,再逐层添加2.3 跨行连接、避障与比例尺2.4 比较基因邻域2.5 局部、锚定与分段2.6 共线性综合展示模块三『质粒图』部分
3.1 DNA、注释与13个参考序列3.2 从圆圈到多层注释3.3 识别特征、引物与酶切3.4 13个质粒参考案例3.5 质粒综合实战按需查阅:数据与图层
数据与坐标导入和转换数据导入核酸和蛋白比对将蛋白区间转换为基因组坐标绘制注释与处理重叠放置和调整标签添加数据轨道设置配色、图例和主题按序列和链设置参数调整图形预览和保存图形学习地图与函数查阅
使用教程函数文档示例图集常见问题迁移到候选 API术语说明更新日志建议通过 export_ggchord_layout() 使用按层几何表;get_chord_layout() 保留完整列表及文档几何、边界、颜色、标签成员,两者均未弃用。view_ggchord() 返回临时图片路径,diagnose_ggchord() 返回一次指定渲染的证据。
几何与来源
所选导出组件是数据框,不存在的组件可为空且无列。非空几何含 layer_id、component、source_row。ID 标识此图中一个图层实例,编辑/排序可改变 ID。源行索引该层/组件解析后的输入,不一定是物理文件行;生成装饰的源行为缺失,聚合可能用 source_rows 表示成员,而非单一观测。original_data = TRUE 包含选定非空组件在角色映射及适配后的输入,不是原文件档案;文件行/记录来源和转换属性与 ggchord_data_contract 含义不同。笛卡尔几何及框用原生布局数据单位;源基因组坐标仍为一基闭区间 bp,不转成笛卡尔距离。角度用度,明确内部序列参照角除外;字号用 mm。元数据保留 coordinate_space、units、coordinate、rotation、rotation_applied、coord_transform_applied、ratio、fit、xlim、ylim、clip。导出坐标已包含布局旋转,位于 ggplot2 coord 变换之前。原生单位不是 mm 或 bp。
各坐标系的专属表
圆图 annotation_registry 保留文档标识、所有者、组件/源行、内部轨道/半径/宽度/边界、外部区域、扇区、带、主带、槽、溢出原因、交叉数、框和引导线通道。半径、宽度、框使用布局单位;轨道/槽是构建局部资源索引,缺失表示不适用,与命名定量轨道 ID 及 Position 轨道不同。线性 sequence_layout 保留可逆窗口/源原点、水平范围、骨架 y、方向、每 bp 单位、x 偏移和锚点;分段行另有行/窗口顺序、断裂及显示 gap_bp,省略间隙无源映射。orientation_diagnostics、connection_report、label_diagnostics 保留支持、筛选及标签放置/隐藏证据,适用时含图层/行来源。track_registry 保留轨道 ID、accession、放置、源层、原数值单位的 limits、可选 unit、值域及测量状态。原生偏移/宽度为布局单位;_mm 字段是物理 mm 贡献;normal_min/normal_max 为布局单位。track_diagnostics 记录输入行、保留/原因、坐标裁剪及原始柱基线。axis_selection 记录选定序列轴。label_fit_diagnostics 保留原文、请求/最小/最终字号(mm)及回退/隐藏原因。空诊断表不要求固定列原型。
测量与缓存范围
render_context 及诊断 measurement 区分 estimated、unavailable、measured 面板状态。panel_mm、canvas_mm 及已测量的 panel_bounds_mm 使用物理 mm。units_per_mm、axis_units_per_inch 分别换算 x/y 布局单位,units_per_inch 是保守的单值文字度量。geometry_metric_status、converged 将细化精度与面板测量分开描述;估计上下文可缺失尺寸及收敛值。设备/依据/字体条件说明证据来源和限制,细化计数及私有求解器/候选/缓存结构是实现细节。每次组合图拥有新布局缓存,构建/getter 可填充;设备或环境改变会使估计失效,包括普通标签。get_chord_layout(build = FALSE) 要求当前有效缓存。预览和诊断渲染独立副本,不改变源缓存;参照路径仅在一次几何计算中复用。临时渲染上下文在正常或异常退出时恢复前任。普通 R 赋值仍遵循 ggproto 引用语义,任意直接修改共享图层环境不视为新的图组合。
稳定性与诊断限制
上述文档成员保持支持。可按输入元数据或几何需要附加列,使用者应按名称选字段,不依赖固定位置/列数。布局数值可随尺寸、设备、字体及合理避让改变;资源编号和原因细节不是持久生物学 ID。候选布局、私有缓存和迭代次数不属稳定结果。诊断保留 measurement、checks、text、guides、colour_suggestions、label_diagnostics、annotation_registry、track_registry、track_diagnostics、warnings。文字/图例框及线宽/字号用 mm,色差使用每行声明的模型。面板已测量不证明无碰撞、字体嵌入/回退、任意 grob 或跨软件可移植性。预览路径在临时目录,可能被清理;最终文件请用标准 ggplot2::ggsave() 保存。
