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0.16.6 文档

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建议通过 export_ggchord_layout() 使用按层几何表;get_chord_layout() 保留完整列表及文档几何、边界、颜色、标签成员,两者均未弃用。view_ggchord() 返回临时图片路径,diagnose_ggchord() 返回一次指定渲染的证据。

几何与来源

所选导出组件是数据框,不存在的组件可为空且无列。非空几何含 layer_id、component、source_row。ID 标识此图中一个图层实例,编辑/排序可改变 ID。源行索引该层/组件解析后的输入,不一定是物理文件行;生成装饰的源行为缺失,聚合可能用 source_rows 表示成员,而非单一观测。original_data = TRUE 包含选定非空组件在角色映射及适配后的输入,不是原文件档案;文件行/记录来源和转换属性与 ggchord_data_contract 含义不同。笛卡尔几何及框用原生布局数据单位;源基因组坐标仍为一基闭区间 bp,不转成笛卡尔距离。角度用度,明确内部序列参照角除外;字号用 mm。元数据保留 coordinate_space、units、coordinate、rotation、rotation_applied、coord_transform_applied、ratio、fit、xlim、ylim、clip。导出坐标已包含布局旋转,位于 ggplot2 coord 变换之前。原生单位不是 mm 或 bp。

各坐标系的专属表

圆图 annotation_registry 保留文档标识、所有者、组件/源行、内部轨道/半径/宽度/边界、外部区域、扇区、带、主带、槽、溢出原因、交叉数、框和引导线通道。半径、宽度、框使用布局单位;轨道/槽是构建局部资源索引,缺失表示不适用,与命名定量轨道 ID 及 Position 轨道不同。线性 sequence_layout 保留可逆窗口/源原点、水平范围、骨架 y、方向、每 bp 单位、x 偏移和锚点;分段行另有行/窗口顺序、断裂及显示 gap_bp,省略间隙无源映射。orientation_diagnostics、connection_report、label_diagnostics 保留支持、筛选及标签放置/隐藏证据,适用时含图层/行来源。track_registry 保留轨道 ID、accession、放置、源层、原数值单位的 limits、可选 unit、值域及测量状态。原生偏移/宽度为布局单位;_mm 字段是物理 mm 贡献;normal_min/normal_max 为布局单位。track_diagnostics 记录输入行、保留/原因、坐标裁剪及原始柱基线。axis_selection 记录选定序列轴。label_fit_diagnostics 保留原文、请求/最小/最终字号(mm)及回退/隐藏原因。空诊断表不要求固定列原型。

测量与缓存范围

render_context 及诊断 measurement 区分 estimated、unavailable、measured 面板状态。panel_mm、canvas_mm 及已测量的 panel_bounds_mm 使用物理 mm。units_per_mm、axis_units_per_inch 分别换算 x/y 布局单位,units_per_inch 是保守的单值文字度量。geometry_metric_status、converged 将细化精度与面板测量分开描述;估计上下文可缺失尺寸及收敛值。设备/依据/字体条件说明证据来源和限制,细化计数及私有求解器/候选/缓存结构是实现细节。每次组合图拥有新布局缓存,构建/getter 可填充;设备或环境改变会使估计失效,包括普通标签。get_chord_layout(build = FALSE) 要求当前有效缓存。预览和诊断渲染独立副本,不改变源缓存;参照路径仅在一次几何计算中复用。临时渲染上下文在正常或异常退出时恢复前任。普通 R 赋值仍遵循 ggproto 引用语义,任意直接修改共享图层环境不视为新的图组合。

稳定性与诊断限制

上述文档成员保持支持。可按输入元数据或几何需要附加列,使用者应按名称选字段,不依赖固定位置/列数。布局数值可随尺寸、设备、字体及合理避让改变;资源编号和原因细节不是持久生物学 ID。候选布局、私有缓存和迭代次数不属稳定结果。诊断保留 measurement、checks、text、guides、colour_suggestions、label_diagnostics、annotation_registry、track_registry、track_diagnostics、warnings。文字/图例框及线宽/字号用 mm,色差使用每行声明的模型。面板已测量不证明无碰撞、字体嵌入/回退、任意 grob 或跨软件可移植性。预览路径在临时目录,可能被清理;最终文件请用标准 ggplot2::ggsave() 保存。

示例

代码
library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
p <- ggchord(seq_data = seqs) +
  geom_seq()
geometry <- export_ggchord_layout(p, include = "seq")
geometry$seq |>
  distinct(layer_id, component, source_row)