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基于 geom_feature() 的简洁质粒预设，使用相同通用引擎，选择紧凑圆形轨道、凸肩块状箭头和虚线内部分段连接。
用法
代码
geom_feature_plasmid(
mapping = NULL,
data = NULL,
shape = "arrow",
width = 0.058,
arrow_head_length = 0.068,
arrow_head_width = 1.42,
arrow_head_style = "shouldered",
short_feature = "auto",
segment_boundaries = TRUE,
boundary_colour = "#666666",
boundary_linewidth = 0.25,
boundary_linetype = "22",
position = NULL,
show.legend = FALSE,
inherit.aes = FALSE,
...
)参数
- mapping
可选映射。
accver、start、end、strand等角色 aesthetic 可重命名输入列；普通视觉映射在生成几何后计算。- data
含
accver、start、end、strand的数据框，可选type、category、label。因子列start/end使用数值标签而非内部级别编码；坐标必须为有限数值。可提供display_priority或逻辑列prioritized_display。也可用directionality或direction代替strand，取值为"forward"、"reverse"、"bidirectional"、"none"。- shape
固定注释形状。显式 shape 优先于
aes(feature_shape = ...)：支持"arrow"、"compact_arrow"、"promoter_arrow"、"primer_arrow"、"marker"、"block"、"capped_line"、"primer_arc"、"chevron"、"lollipop"，默认"arrow"。使用aes(feature_shape = type)与scale_feature_shape_manual()将类别映射为形状。- width
轨道宽度，默认对应桌面质粒编辑器常用的紧凑注释带。
- arrow_head_length, arrow_head_width
序列局部坐标中的箭头尺寸，与
geom_gene()共用。arrow_head_width大于 1 时形成凸出的块状箭头。- arrow_head_style
箭头构造方式：
"shouldered"保留凸出箭头，"flush"使箭头与主体齐平，"triangle"绘制完整三角楔形。- short_feature
注释太短、容不下指定箭头时的处理：自动压缩为方向符号，或改用楔形、矩形。
- segment_boundaries
绘制分段注释携带的内部标记。连续源分段的连接处使用点线；分段级非实线
line_style可覆盖该样式，cleavage_arrows坐标可添加或合并生物学切割标记。这些标记不会产生额外箭头。- boundary_colour, boundary_linewidth, boundary_linetype
内部分段连接处的外观。
- position
注释位置。默认
NULL在质粒骨架内侧将重叠注释堆叠到紧凑轨道。独立标签层应复用同一个显式position_feature_stack()对象，使多边形与标签同轨。可选数值列display_priority（较大优先）或逻辑列prioritized_display可覆盖重叠注释默认的最长优先顺序。- show.legend, inherit.aes
标准 ggplot2 图层参数。
- ...
其他固定多边形 aesthetic。