0.16.6 文档
本页完整说明已译为现代汉语;函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。 使用教程
全站目录 · 按任务查找
安装与学习路线
首页安装与环境准备选择合适的学习模块模块一『弦图』部分
1.1 输入表与字段含义1.2 生成与导入比对数据1.3 从骨架逐层添加1.4 方向、曲率与避障1.5 筛选与整理连接1.6 原始文件完整流程1.7 弦图综合展示模块二『共线性图』部分
2.1 复用弦图的数据2.2 只替换坐标系,再逐层添加2.3 跨行连接、避障与比例尺2.4 比较基因邻域2.5 局部、锚定与分段2.6 共线性综合展示模块三『质粒图』部分
3.1 DNA、注释与13个参考序列3.2 从圆圈到多层注释3.3 识别特征、引物与酶切3.4 13个质粒参考案例3.5 质粒综合实战按需查阅:数据与图层
数据与坐标导入和转换数据导入核酸和蛋白比对将蛋白区间转换为基因组坐标绘制注释与处理重叠放置和调整标签添加数据轨道设置配色、图例和主题按序列和链设置参数调整图形预览和保存图形学习地图与函数查阅
使用教程函数文档示例图集常见问题迁移到候选 API术语说明更新日志单条序列的圆形坐标系。
参数
- rotation
基因组原点所在的角度,单位为度。
- direction
基因组坐标增加的方向。
- gap
开口角度,单位为度;零表示闭合圆。
- ratio
固定 y/x 纵横比,默认 1。
- xlim, ylim
可选的用户坐标范围;显式范围优先于自动拟合范围。
- expand
逻辑值,是否扩展坐标范围,默认 FALSE。自动拟合已包含少量安全边距;设为 TRUE 可请求 ggplot2 的额外坐标扩展。
- clip
是否将绘图裁剪到面板内,默认
"off"。- fit
拟合策略:
"labels"包含测量后的标签框,"geometry"只拟合几何元素,"manual"要求显式提供xlim和ylim。
