本页完整说明已译为现代汉语;函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。 使用教程
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安装与学习路线
首页安装与环境准备选择合适的学习模块模块一『弦图』部分
1.1 输入表与字段含义1.2 生成与导入比对数据1.3 从骨架逐层添加1.4 方向、曲率与避障1.5 筛选与整理连接1.6 原始文件完整流程1.7 弦图综合展示模块二『共线性图』部分
2.1 复用弦图的数据2.2 只替换坐标系,再逐层添加2.3 跨行连接、避障与比例尺2.4 比较基因邻域2.5 局部、锚定与分段2.6 共线性综合展示模块三『质粒图』部分
3.1 DNA、注释与13个参考序列3.2 从圆圈到多层注释3.3 识别特征、引物与酶切3.4 13个质粒参考案例3.5 质粒综合实战按需查阅:数据与图层
数据与坐标导入和转换数据导入核酸和蛋白比对将蛋白区间转换为基因组坐标绘制注释与处理重叠放置和调整标签添加数据轨道设置配色、图例和主题按序列和链设置参数调整图形预览和保存图形学习地图与函数查阅
使用教程函数文档示例图集常见问题迁移到候选 API术语说明更新日志通过 ggsave() 渲染临时 PNG/SVG,在 IDE 查看器或浏览器打开静态页。这是导出尺寸预览,不是交互图转换;原图及标准 ggsave() 工作流不变。ggchord 使用私有副本,不改变原布局缓存。预览、导出及诊断的不同结果见 ggchord_layout_contract。自动高度拟合不会缩小过宽图例;装饰超宽时增加 width,或使用例如 guides(seq_colour = guide_ggchord_legend(nrow = 2))。
参数
- plot
ggchord 或 ggplot 对象,默认
last_plot()。- width
正输出宽度。未显式提供尺寸时,
coord_chord()使用 12.39 英寸,coord_circular()从注释外包区域推导宽度。- height
正输出高度。未提供尺寸时,
coord_chord()使用 9.71 英寸,coord_circular()推导宽高。NULL在保持坐标单位等比例时拟合序列、标签和图例。显式宽高始终保留。- units
输出单位:
"in"、"cm"、"mm"或"px"。- device
预览设备
"png"或"svg";SVG 需要可选 svglite 或可用的基础 Cairo SVG 设备。- dpi
正栅格分辨率,默认 144。
- bg
传给
ggsave()的可选背景色。- viewer
打开方式:
"auto"优先getOption("viewer"),交互会话中可回退浏览器;"ide"、"browser"、"none"选择明确目标。"none"适合脚本和测试。
RStudio 绘图面板与导出尺寸渲染
标签排布、图例尺寸及范围拟合依赖当前设备物理尺寸。因此在小或窄的 RStudio Plots 面板打印 p,可能与导出显著不同,极小面板也可能容不下全部径向标签。可调整面板或 Zoom 后重新打印。尺寸敏感的弦图在组合时使用 view_ggchord(),最终用 ggsave() 按相同显式宽高保存。预览测量会恢复此前活动的图形设备。
