在圆形序列上绘制引物结合范围

0.16.6 文档

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引物默认是双线骨架两线之间的细方向弧，不是注释堆叠中的箭头。添加 geom_primer_label_repel() 可绘制对应无框标签及引导线。

用法

代码geom_primer(
  mapping = NULL,
  data = NULL,
  side = c("between", "outside", "inside"),
  arc_offset = 0.045,
  arc_linewidth = 0.026,
  colour = "#A020F0",
  position = NULL,
  show.legend = FALSE,
  inherit.aes = FALSE,
  ...
)

参数

mapping, data: 标准图层输入。
side: 引物弧所在骨架轨道。"between" 使用中心线；"outside"、"inside" 使用 arc_offset。
arc_offset: side 为 "outside" 或 "inside" 时相对骨架中心的距离。
arc_linewidth: 引物弧的径向宽度。
colour: 引物弧颜色。
position, show.legend, inherit.aes: 标准图层参数。
...: 传给 geom_feature() 的其他参数。

返回值

一个 ggplot2 图层。

示例

代码library(dplyr)
data(plasmid_example_pUC19)
seqs <- plasmid_example_pUC19 |>
  select(accver, length)
primers <- find_primer_bindings(plasmid_example_pUC19, set = "universal")
ggchord(seq_data = seqs) +
  geom_seq() +
  geom_primer(data = primers) +
  geom_primer_label_repel(data = primers) +
  coord_circular()