0.16.6 文档
本页完整说明已译为现代汉语;函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。 使用教程
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安装与学习路线
首页安装与环境准备选择合适的学习模块模块一『弦图』部分
1.1 输入表与字段含义1.2 生成与导入比对数据1.3 从骨架逐层添加1.4 方向、曲率与避障1.5 筛选与整理连接1.6 原始文件完整流程1.7 弦图综合展示模块二『共线性图』部分
2.1 复用弦图的数据2.2 只替换坐标系,再逐层添加2.3 跨行连接、避障与比例尺2.4 比较基因邻域2.5 局部、锚定与分段2.6 共线性综合展示模块三『质粒图』部分
3.1 DNA、注释与13个参考序列3.2 从圆圈到多层注释3.3 识别特征、引物与酶切3.4 13个质粒参考案例3.5 质粒综合实战按需查阅:数据与图层
数据与坐标导入和转换数据导入核酸和蛋白比对将蛋白区间转换为基因组坐标绘制注释与处理重叠放置和调整标签添加数据轨道设置配色、图例和主题按序列和链设置参数调整图形预览和保存图形学习地图与函数查阅
使用教程函数文档示例图集常见问题迁移到候选 API术语说明更新日志在每条序列弧中点放置名称,可设置径向偏移、旋转、字号、文字方向和对齐。
用法
代码
geom_seq_label(
mapping = NULL,
data = NULL,
seq_label_radius = 1,
seq_label_rotation = NULL,
labels = NULL,
seq_label_orientation = c("arc", "horizontal"),
seq_label_hjust = NULL,
seq_label_vjust = NULL,
check_overlap = FALSE,
position = "identity",
show.legend = FALSE,
inherit.aes = FALSE,
...
)参数
- mapping
默认 NULL,使用预计算数据。
- data
默认 NULL,从布局自动获取。
- seq_label_radius
可选数值/向量,标签径向位置相对序列弧半径的倍数:
1在弧上,> 1在外侧(远离弦图中心),< 1在内侧,默认 1。不能与coord_collinear()同时显式提供;该布局将序列名放在水平轨道左端旁。- seq_label_rotation
可选数值/向量,在沿弧方向上追加的旋转角度,默认 NULL(0 度);
seq_label_orientation = "horizontal"时忽略。- labels
可选字符向量,覆盖名称文字,默认使用
geom_seq()中的标签或序列 ID。- seq_label_orientation
文字方向,默认 "arc"。
"arc"沿序列弧旋转并保持可读,"horizontal"水平绘制并向远离弦图中心的方向延伸。- seq_label_hjust
可选数值/向量,水平对齐,默认 NULL。沿弧方向默认 -0.2,使文字位于序列内侧附近;
seq_label_orientation = "horizontal"时自动选择,使文字向中心外延伸。- seq_label_vjust
可选数值/向量,垂直对齐,默认 NULL(0.5)。
- check_overlap
逻辑值,默认 FALSE。TRUE 时跳过与已绘标签重叠的文字,对应 ggplot2 的
geom_text()选项。- position, show.legend, inherit.aes
标准 ggplot2 图层参数。
- ...
传给
geom_text()的其他参数。
