按序列和链设置参数

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本页准备
这个能力仍然保留
哪些参数支持
兼容写法与取舍
完成后检查

按序列或链调整几何，保留旧版灵活参数的实用性，同时明确它不适用于所有参数。

本页准备

在新的 R 会话中先运行下方代码，再按页面顺序继续。配色和排版是可选的显示设置，输入只选择需要的列。

准备代码 · 在本页运行一次

代码library(ggchord)
library(dplyr)
data(seq_data_example)
data(ribbon_data_example)
data(gene_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
links <- ribbon_data_example |>
  select(qaccver, saccver, qstart, qend, sstart, send)
# The fixture preserves biological strands separately from its old display strands.
genes <- gene_data_example |>
  transmute(accver, start, end, strand = source_strand)

# Optional appearance choices; none of these columns or scales is required input.
library(ggchord)
seq_palette <- setNames(
  c("#E64B35", "#233E4A", "#269B82", "#D59B17"),
  c("MT108731.1", "MT118296.1", "OQ646790.1", "OR222515.1")
)
gene_palette <- c("+" = "#CE1536", "-" = "#346B9D", "." = "#8291A6")

library(ggchord)
doc_background <- "#FFFCF5"
identity_palette <- c("#303B71", "#36537D", "#269B82", "#A5D52C", "#ECEB31")
identity_values <- c(0, 0.5, 0.8, 0.9, 1)
identity_breaks <- c(0, 50, 80, 90, 100)
doc_legend_theme <- theme(
  legend.title = element_text(size = 13, face = "bold"),
  legend.text = element_text(size = 11),
  legend.key.width = unit(9, "mm"), legend.key.height = unit(5, "mm"),
  legend.spacing.x = unit(9, "mm"), legend.spacing.y = unit(7, "mm"),
  legend.margin = margin(l = 4, r = 4, unit = "mm")
)
sequence_guide <- guide_ggchord_legend(nrow = 1, theme = doc_legend_theme)
strand_guide <- guide_ggchord_legend(
  nrow = 1, override.aes = list(strand = c("+", "-")), theme = doc_legend_theme
)
identity_guide <- guide_ggchord_colourbar(
  position = "left", direction = "vertical",
  theme = theme(
    legend.key.height = unit(75, "mm"), legend.key.width = unit(5, "mm"),
    legend.title = element_text(size = 13, face = "bold"),
    legend.text = element_text(size = 11), legend.margin = margin(r = 7, unit = "mm")
  )
)
doc_theme <- theme_ggchord_publication(
  axis.text = element_text(size = 11),
  axis.text.check.overlap = TRUE
) +
  theme(
    legend.position = "bottom",
    legend.title = element_text(size = 13, face = "bold"),
    legend.text = element_text(size = 11),
    legend.key.width = unit(9, "mm"), legend.key.height = unit(5, "mm"),
    legend.spacing.x = unit(9, "mm"), legend.spacing.y = unit(7, "mm"),
    legend.box.spacing = unit(6, "mm"),
    plot.background = element_rect(fill = doc_background, colour = NA),
    panel.background = element_blank(),
    plot.title = element_text(face = "bold", size = 18),
    plot.subtitle = element_text(size = 10, colour = "#5C625A"),
    plot.margin = margin(14, 18, 14, 18)
  )
doc_axis <- function(coordinates = "relative") {
  scale_seq_position_continuous(
    coordinates = coordinates, n.breaks = 3, minor_breaks = NULL,
    labels = function(x) format(x, scientific = FALSE, big.mark = ",", trim = TRUE)
  )
}

旧版称为“灵活的参数格式”。本页用“按序列和链设置参数”明确其用途与边界。

这个能力仍然保留

同一图里常要单独调整某条序列，或分别调整正负链。为这些几何参数保留简洁的逐序列/逐链写法是合理的；没有必要为了多一条序列而复制整个图层。推荐先用单值，确实需要差异时用按 accver 命名的向量；正负链使用 +/- 命名向量。

代码# Sequence IDs remain stable when the data is reordered; positional lists do not.
radii <- setNames(c(1.1, 1, 1, 1), seqs$accver)
widths <- c("+" = .045, "-" = .065)
p_parameters <- ggchord(seq_data = seqs, gene_data = genes) +
  geom_seq(seq_radius = radii) +
  geom_gene(
    width = widths,
    position = position_strand(c("+" = .08, "-" = -.1))
  ) +
  geom_seq_label(size = 4) +
  scale_seq_colour_manual(values = seq_palette) +
  scale_gene_fill_manual(values = gene_palette) +
  coord_chord() +
  doc_theme
p_parameters

radii 的名称对应实际序列 ID， widths 和位移对应链。重新排序时，命名值仍能找到原序列；无名值只按当前位置对应。这个例子修改的是布局和几何，未把颜色或 theme 参数当成同一套扩展语法。

哪些参数支持

接口	支持参数	匹配范围
`geom_seq()`	`seq_radius`, `seq_curvature`, `seq_gap`, `seq_orientation`	按序列；半径/曲率的效果取决于坐标模式
`geom_seq_label()`	`labels`, `seq_label_radius`, `seq_label_rotation`, `size`, `seq_label_hjust`, `seq_label_vjust`	按序列；`seq_label_orientation` 是单个模式选项
`geom_link_ribbon()` / `geom_link_line()`	`link_gap`	按端点所在序列；控制点不是逐序列标量
`geom_gene()` / `geom_feature()`	`width`	按序列，或分别按 `+`/`-` 链
`position_strand()` / `position_plasmid()`	`offset`	按序列或链；优先使用 Position 而非兼容 offset 入口
固定标签 `geom_gene_label()` / `geom_feature_label()`	`label_radial_offset`, `label_circum_offset`, `label_circum_limit`, `label_rotation`	按序列或链；不代表所有文本参数都接受列表
`position_track()`	数值型 `width`, `gap`	原生布局数值可按序列；物理 `unit()` 使用单个绝对尺寸

seq_order 本身就是序列排列，不是上述值的循环规则。自动避让标签的 label_layout 是布局模式；手动角度和偏移请使用固定标签层，不把它们塞进自动标签的 ...。 axis/theme、aesthetic、标度、图例不继承这套列表扩展规则。手工标度本来就支持按数据类别命名的颜色向量，那属于 ggplot2 的标度语义，见配色教程。

兼容写法与取舍

当前还兼容等长无名向量、按序列名的列表、按序号的列表及等长无名列表；gene/注释的一项还可包含 +/- 两个值。它们是现有几何接口的兼容形式，不是任意参数的通用容器。不同参数仍有自己的类型、长度、范围和单位检查。

v0.16.6 RC 审计决定保留这些等价形式，没有新增删除或弃用。位置写法跟随筛选后当前显示序列顺序；名称匹配 accession ID 时优先按 ID。width/固定标签的逐序列列表元素应为链值对，单值循环用 list(value)；Position offset 还允许逐序列单值列表。显式按链命名的 Position offset 已带符号，未指定的链或序列补零； position_plasmid() 使用共享 offset，拒绝链值对。键应唯一；"1"、"+"、"-" 这类序列 ID 可能与序号或链简写混淆，按链设置时宜使用按序列命名的嵌套列表。原生数值型 track width/gap 必须覆盖所有显示序列。这些规则不扩展到 theme。

数值并不共用一个单位：seq_gap 是比例，旋转角度以度表示，物理轨道尺寸使用明确的 unit()。seq_backbone_gap、seq_backbone_width 是单值样式参数，不在上述列表规则中。共线性自动方向用 coord_collinear(orientation = "auto")； geom_seq(seq_orientation = ...) 指定的是 +1/-1 数值方向。

完成后检查

命名向量的键应对应实际 accver 或 +/− 链。重排后再次检查匹配；不要将列表规则推广到 theme、scale 或 aesthetic。

继续：设置配色、图例和主题 →