将序列信息转换为 ggchord 输入 — as_ggchord

0.16.6 文档

本页完整说明已译为现代汉语；函数、参数、代码和原始数据标识保留原样。使用教程

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显式适配器返回普通数据框。仅在提供相应对象时加载可选区间包；绘图不会安装或运行外部数据准备工具。直接交给 ggchord 或图层的受支持 S4 输入使用相同适配器，标识原样保留。

用法

代码as_ggchord_seq(x, mapping = NULL, lengths = NULL, ids = NULL)

参数

x: 数据框、GRanges、Seqinfo、GInteractions，或 Biostrings 的 XStringSet/XString 对象。
mapping: 数据框输入可使用命名字符向量 output_role = "input_column"，例如 c(accver = "chrom", length = "size")。
lengths: 可选的已知序列长度命名数值向量，用于补足未知长度；必须与源中已知长度一致。
ids: 可选的显式标识字符向量，仅用于未命名的 XStringSet/XString 输入；必须与已有源名称一致。

返回值

普通数据框，包含 accver、length 和保留的元数据。其 ggchord_conversion 属性记录输入类、坐标系、列重命名、对象级元数据，以及已有的上游导入/转换来源。不会猜测或改写基因组坐标及 accession version。

详细说明

对 GRanges，长度取自其 Seqinfo，不会取观测注释的最大端点。GInteractions 使用其公共区间中的同类信息。仅返回输入区间实际使用的序列名称；Seqinfo 则返回所有条目。未知长度需要显式 lengths 或修正源信息。XStringSet 和 XString 使用存储的序列宽度；集合名称作为标识，未命名序列须提供 ids。显式 ID 必须与已有非空名称一致，不静默改写标识或 accession version。sequence_unit 记录 "bp"、"aa" 或 "character"；氨基酸宽度不是核苷酸坐标。这些非核苷酸表仍可用于数据工作流，但 ggchord() 不接受它们作为基因组序列输入。使用已知核苷酸序列长度前，先通过 build_ggchord_cds() 和 project_ggchord_features() 或 project_ggchord_links() 投影氨基酸区间。空序列与其他零长度输入一样会被拒绝。

另见

ggchord_data_contract

示例

代码library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
renamed <- seqs |>
  rename(chrom = accver, size = length)
as_ggchord_seq(renamed, mapping = c(accver = "chrom", length = "size"))