为线性图添加共享 bp 比例尺 — geom_seq

0.16.6 文档

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在序列外包区域之外的空白处添加独立参照尺，与 coord_collinear() 中所有骨架采用相同 bp 到 x 换算，包括同行独立窗口。显示间隙不当作基因组长度；局部反转和原始源坐标标签不改变比例。弦图和圆图已有局部坐标轴，不接受该层。

用法

代码geom_seq_scale(
  mapping = NULL,
  data = NULL,
  length = NULL,
  label = NULL,
  location = c("bottomleft", "bottomright", "topleft", "topright"),
  offset = grid::unit(c(2, 6), "mm"),
  tick_height = grid::unit(1.5, "mm"),
  label_gap = grid::unit(1.5, "mm"),
  linewidth = 0.4,
  colour = "#3D4348",
  size = 3,
  position = "identity",
  show.legend = FALSE,
  inherit.aes = FALSE,
  ...
)

参数

mapping, data: 标准图层输入。可用 scale_length 映射每个尺的正整数 bp 长度，label 提供文字。多个尺须在 data 中显式提供 x、y 布局位置或相应角色映射，避免意外重叠。
length: 可选固定正整数 bp 长度，不可与 scale_length 映射并用。NULL 使用输入长度或自动参照长度。
label: 可选固定字符标签，或接收所选 bp 长度的函数。NULL 使用输入标签或格式化 "... bp" 文字。
location: 自动放置所依据的序列外包区域角落。
offset: 两个非负距离，先水平后垂直。支持绝对 grid 单位；普通数值为布局距离。
tick_height, label_gap: 端刻度及尺与文字间距，支持非负绝对 grid 单位或布局数值。有渲染环境时做物理换算；无设备构建保留明确的估计测量状态。
linewidth, colour, size: 固定线色、线宽及字号，文字使用 ggplot2 的 mm。未作为固定值提供时，也可使用普通映射和标度。
position, show.legend, inherit.aes: 标准 ggplot2 图层参数。
...: 传给 ggplot2::layer() 的其他固定 aesthetic。

返回值

一个独立 ggplot2 图层。导出坐标轴几何保留每个比例尺的 bp 长度、输入行及测量状态。

详细说明

比例尺不声称跨越某个源区间，因此显式长度可超过单个窗口，仍是共享线性度量的有效距离参照。省略长度时，从显示窗口长度选较小的整数 1/2/5 参照。不修改源坐标、不制造缺失基因组区域。修改序列轴刻度及标签请用 scale_seq_position_continuous()；位置标度配置已有轴，本层添加独立距离参照。

示例

代码library(dplyr)
data(seq_data_example)
seqs <- seq_data_example |>
  select(accver, length)
ggchord(seq_data = seqs) +
  geom_seq() +
  coord_collinear() +
  geom_seq_scale(length = 10000)